В это время царствовал в Византии, после Льва Великого и Зенона, император Анастасий (491–518), давший свободу отступникам от православия. Патриархом же Иерусалимским после Мартирия (ученика преподобного Евфимия) был Саллюстий; при нем-то, после смерти аввы Маркиана, бывшего в сане архимандрита, начальником всех монастырей в «пустыне Святого Града», монахи, собравшись к Патриарху, который был тогда болен, по общему соглашению просили его, чтобы он поставил преподобных Феодосия и Савву архимандритами и начальниками всех монастырей, находящихся около Святого Града, потому что сии святые мужи были пустынники, не имели никакого стяжания, были славны жизнью и словом и обиловали божественными дарованиями. Это единодушное избрание было утверждено Патриархом беспрекословно и с любовью. С того времени авва Феодосий сделался главным вождем и архимандритом всех общежительных монастырей (киновий), почему и называется «киновиархом», а преподобный Савва был поставлен начальником и блюстителем всех лавр, то есть, собраний отшельнических жилищ, или уединенных келий. Оба эти мужа были единодушны и единомысленны между собою, дышали более друг другом, нежели воздухом, так что иерусалимские жители, видя их единомыслие, называли их новою апостольскою двоицею, подобною двоице Петра и Иоанна.
Преподобный Савва приходивших к нему в лавру юных (безбрадых) обыкновенно отсылал сперва в киновию своего духовного друга, Феодосия, утешая отсылаемого такими словами: «Сын мой, неприлично, или лучше сказать, вредно сей лавре иметь у себя кого-нибудь безбрадого. Сей закон положили древние отцы скита и мне его предал великий отец наш Евфимий. Когда я хотел жить в его лавре, то он увидевши, что у меня еще нет бороды, послал меня к блаженному Феоктисту и сказал, что неприлично и даже вредно жить в лавре безбрадому монаху. А посему, пойди к авве Феодосию, там ты получишь себе пользу». Великий же авва Феодосий, принимая к себе брата, посланного Саввою, всемерно старался о усовершении его из уважения к пославшему.
Патриарху Саллюстию наследовал блаженный Илия, ревностно подвизавшийся за православие, обуреваемое ересью Евтихия и Севера, которою заразился император Анастасий. Остановленные на некоторое время гонения на Патриарха Илию, по уважению к просьбе преподобного Саввы (посланного с письмами к императору в числе других игуменов из монастырей Святого Града), – возобновились снова, когда на место Флавиана поставлен был по воле царя в Патриархи Антиохийские Север, начальник акефалитов. Он посылал свое исповедание веры к архиепископу Илии, но последний, не приняв в общение с собою Севера, возбудил в императоре сильный гнев против себя. Север вторично послал к Илии свое исповедание веры с некоторым служителем церкви и с отрядом императорских войск. Тогда преподобные отцы Савва и Феодосий, с прочими пустынными игуменами, придя во Сятой Град, выгнали из него людей, пришедших с Северовым исповеданием веры. Множество монахов, собравшись на месте называемом Иерафион (на котором ежегодно бывал обряд воздвижения честного и животвор. Креста), вместе с иерусалимскими жителями кричали: «анафема Северу и его сообщникам». Все это видели и слышали начальник и воины императорского отряда, сопровождавшего Северовых посланцев.
Раздосадованный известием об этом событии, император послал в Иерусалим кесарийца Олимпия, который был начальником над Палестиною; вместе с ним послал он и письмо, которое писано было из Сидона и в котором описывались действия Сидонского собора и говорилось, что не должно принимать определений Халкидонского собора. Первым делом Олимпия по прибытии в Иерусалим было низвержение с кафедры Блаженного Патриарха Илии и отправление его в заточение; на его место он поставил пресвитера Иоанна, хранителя честного Креста, взяв с него обещание пристать к общению с Севером и анафематствовать Халкидонский собор.