Иными словами, императорский двор обеспечивал легитимность режиму сёгуната. Токугава возводили свое происхождение к роду Гэндзи (Минамото), который, в свою очередь, считал своим предком императора Сэйва (858—876). Токугава не имели на то никаких реальных генеалогических подтверждений, но эта фальсификация, тем не менее, тоже служила основанием для подтверждения законности их власти.
Император, который считался в дальневосточной политической философии «хозяином времени» (в том числе погоды, а значит, и урожая), сохранил эту функцию и при Токугава — именно от его имени провозглашались девизы правления, в соответствии с которыми жила вся страна. В документе, известном как «Завещание Токугава Иэясу», его автор фактически признавал, что сёгунская династия, в отличие от императорской, конечна. Считалось, что китайская по своему происхождению концепция «мандата Неба» (смена династии, растратившей свою сакральную энергетику — кит.
Присутствовавшее в подсознании культуры главенство императорского дома было закреплено в церемониале: именно сёгунские посланники являлись во время крупных праздников ко двору императора с дарами — конями и мечами (последние заменялись деньгами, ибо нахождение оружия во дворце запрещалось). В ответ они сами получали чаши и предназначенные для сёгуна ответные дары: имитации ветки дерева «татибана» (род цитрусовых, имело благожелательный смысл), писчую бумагу, бутыли для сакэ. По составу даров хорошо видно отсутствие военной составляющей в деятельности императора.
Таким образом, в стране наблюдалось определенное двоевластие, которое давало в перспективе возможность для коренных изменений в политическом устройстве страны. Не подвергавшееся сомнению происхождение императорского рода от синтоистской богини солнца Аматэрасу создавало ему такой «ритуальный авторитет», что сёгуны не помышляли об узурпации его жреческих полномочий. В связи с этим сёгунам не оставалось ничего другого, как позиционировать себя в качестве защитников императора и двора, т. е. выполнять как бы служебную функцию. Это находило выражение в заботе о материальном положении двора и в восстановлении (финансировании) тех ритуалов, которые перестали отправляться в период междоусобиц, когда положение двора в Киото бывало временами попросту бедственным.
Несмотря на свое подчиненное положение, самосознание императорского рода и его двора в Киото оставалось достаточно высоким. В глубине души они считали сёгунов выскочками. И если Хидэтада удалось добиться заключения династического брака, то уже следующая попытка закончилась провалом. Четвертый сёгун Токугава Иэцуна (1641—1680, в должности сёгуна 1651—1680) сватался к принцессе крови Хиномия, но ему ответили холодным отказом.
На окончание усобиц страна отреагировала резким повышением рождаемости. Считается, что в 1600 г. численность населения составляла чуть более 12 миллионов человек. Перепись населения, проведенная в 1721 г., показала, что в стране проживает уже около 31 миллиона человек. К концу правления сёгуната эта цифра увеличилась, но уже незначительно. Можно полагать это «застоем», а можно считать, что общество и его хозяйство находились в уравновешенном и стабильном состоянии. Об этом свидетельствует, в частности, тот факт, что японское государство не предпринимало никаких усилий по расширению своей территории, хотя остров Хоккайдо (тогда он именовался Эдзо) представлял, казалось бы, на взгляд европейского человека, занятого в то время повсеместным освоением земного шара, прекрасную возможность для экспансии и освоения. Северо-восточная часть Хонсю была также освоена мало. Иными словами, и без территориальной экспансии Япония располагала достаточной ресурсной основой для того, чтобы поддерживать высокую численность населения.