Епископы после ослабления власти удельных князей — с ХIV века весьма часто назначались прямо из Москвы, их избирал собор епископов, которые или сами являлись на собор, или изъявляли свое согласие на избрание повольными грамотами. Собор избирал трёх кандидатов, и митрополит окончательно — одного. С ХV века такой порядок избрания епископов, без участия князей и народа утвердился окончательно и изложен в чине поставления во епископа 1423 г. В период патриаршего управления сначала епископов указывал царь. Затем, с течением времени, установился такой способ. Патриарх созывал собор епископов, сам избирал 3 или 4 кандидатов и объявлял собору. Затем, в общем собрании духовных лиц царь и патриарх совещались и назначали одного. Патриарх Никон сам выбирал 12 кандидатов, жребия их втыкал в восковую свечу на престол и после трёх подряд литургий вынимал их через посредство мальчика.
Приходское духовенство весьма рано получило выборный характер, потому что епархиальная власть не имела под рукой достаточное количество кандидатов и по необходимости должна была ставить на церковные должности тех грамотеев, каких представляли ей для постановления сами городские общины, владельцы сёл и князья. Выборное начало по отношению к приходскому духовенству продолжалось на протяжении всей истории Русской Церкви до ХVIII века. Обычно приходская община составляла мирской приговор об избрании известного лица в священную степень и представляла его к архиерею. Последний испытывал ставленника в чтении и пении. В ХVI в. замечается упадок выборного начала. Государство более и более стесняло поставление во священники служилых и тяглых людей, так что священниками большей частью были лица духовного же происхождения. И приходская община больше обращала внимание на них, как на грамотных (отсюда крайнее развитие наследственности, о которой говорит Стоглав). В виду частых злоупотреблений со стороны избирателей, епископы учредили контроль над приходскими общинами через духовных лиц или десятников, которые скрепляли выбор своими свидетельствами. Собор 1682 г. ограничил свободу бояр в выборе домовых священников. В 1739 году было постановлено, чтобы прихожане выбирали на праздное место по два или по три кандидата, с тем, чтобы дать архиерею возможность посвятить наиболее достойного.
В 1745 году был издан указ о том, чтобы назначать на священнослужительские места из учившихся в тогдашних архиерейских школах, — не дожидаясь приходских выборов.
В 1797 году совсем отменены были и выборы, и челобитные прихожан, и прошения об определении на место велено было подавать «за подписанием одних только желающих поступить в церковно-служительские чины, с приложением, буде можно, от прихожан одобрений о честности их поведения». Наконец, в начале ХIХ столетия вышло из употребления и одобрение от прихожан: всё заменено было школьными аттестатами об успехах и поведении и свидетельством духовника.
Все эти ограничения выборного начала вызваны были тем, что прихожане при избрании себе священнослужителей руководились не высшими, духовными целями, а разными житейскими соображениями, до экономических включительно. Господа обучали грамоте своих рабов и приводили их к архиереям для поставления во священство, не освободив из рабства, и после поставления спекулировали их саном, пользуясь их доходами. Весьма часто приходская община торговала священнослужительскими местами, избирая тех, кто давал желательную сумму денег. Прихожане часто избирали кандидатов, не знающих грамоты, не удовлетворявших каноническим требованиям, нанимали себе запрещённых священнослужителей и предоставляли им право служения без архиерейского благословения, переманивали к себе священников из другого прихода, или нанимали для службы монахов, не принимали присланных архиереями ставленников, прогоняли даже своих священников, отбирая от них церковные ключи; на юге России часто ставились во священнослужители двоеженцы и троеженцы, лица, не венчанные по церковному чину, приживавшие детей в незаконном браке (с условием вступления в законный брак). Многие приходские общины произвольно распоряжались церковным имуществом. Все эти обстоятельства и послужили причиной появления в Русской Церкви безместного и крестцового духовенства. Забитое, лишённое средств к жизни и принуждённое добывать себе содержание по найму, это духовенство являлось великой язвой в русской жизни. Виной этой язвы было неумение или нежелание приходской общины добросовестно пользоваться предоставленным ей Церковью правом избрания священнослужителей.