Бейли был не прочь посвятить всю свою жизнь изучению скоплений, но не в ущерб повседневным обязанностям. Он поддерживал непрерывный поток картографических и спектральных снимков. На вершине Мисти под его руководством и при участии старшего брата Хинмана оборудовали новую, самую высокогорную в мире метеостанцию. Младший брат Бейли, Маршалл, разочарованный тяготами первой экспедиции в Перу, отказался возвращаться на работу в Арекипу и вместо этого поступил в медицинский колледж в Балтиморе.
Шаровые скопления вскоре оказались богатыми угодьями для поисков переменных звезд. Первую переменную в Омеге Центавра обнаружила миссис Флеминг в августе, еще одну через несколько дней нашел Пикеринг. Открытия множились, и в гарвардских рядах нашелся недовольный, который стал оспаривать их достоверность, нападая на методы обсерватории.
Это был Сет Карло Чандлер, горячий поклонник переменных звезд, работавший под началом Пикеринга с 1881 по 1886 год в качестве младшего научного сотрудника и расчетчика орбит комет. После ухода с этой должности он сохранил связь с обсерваторией, помогая с выпуском телеграфных сообщений о кометах и событиях, требующих безотлагательного информирования мирового астрономического сообщества. В 1888 году Чандлер издал каталог переменных звезд с собственным подробным численным анализом их изменчивости. Как и Пикеринг, он ценил и поощрял вклад добровольцев-любителей в изучение переменных, но расходился с директором в вопросе о наилучших методах обнаружения таких звезд. Чандлер предпочитал проверенные временем методы визуального наблюдения. Не доверяя открытиям, сделанным с помощью спектрофотографии, он исключил из своего второго каталога переменных 1893 года практически все последние находки миссис Флеминг. Усугубляя оскорбление, в приложении он охарактеризовал свыше десятка ее открытий как «заявленные, но неподтвержденные». Хуже того, в феврале 1894 года на страницах уважаемого международного журнала
Коллега Чандлера кратко пересказал эти обвинения широкой публике в газете
О Пикеринге говорили, что он любил дискутировать, но не желал спорить. Вынужденный дать ответ, он написал в редакцию газеты короткое письмо, которое опубликовали 20 марта. Пикеринг назвал нападки «необоснованными», прибавив, что затронутые вопросы носят «научный характер» и потому «не годятся для обсуждения в ежедневной газете». Он обещал полноценный ответ «через приличествующие каналы». Тем временем пресса Нью-Йорка и Бостона продолжала мусолить этот сюжет.
Миссис Дрейпер узнала про бучу непосредственно от Пикеринга, а кроме того, прочла все, что писала об этом газета
В майском выпуске
Газеты, однако, все лето продолжали освещать «войну астрономов». Президент Гарварда Чарльз Элиот стойко защищал обсерваторию. Он предостерегал Пикеринга 31 июля: «Как я уже говорил вам, лучший способ ответа на эту, да и на всякую другую, критику – публикация новых хороших исследований, и я не сомневаюсь, что вы на это настроены. Больше всего я опасаюсь, как бы эта история не нарушила ваш душевный покой и не помешала научной деятельности. Поначалу это отчасти имело место; но я надеюсь, что это временный эффект, который уже ослабевает. Если же нет, умоляю вспомнить, что я говорил вам при нашем последнем разговоре – вам нужен хороший отпуск».