Чем больше узнавал Патриарх Филофей святителя Алексия, тем больше последний рос в глазах Патриарха. Патриарх Филофей был ярким и пламенным паламистом, составителем жития и службы св. Григорию Паламе. Если бы св. Алексий держался в вопросе паламизма нейтральной позиции, то не могло бы образоваться столь тесного сближения с Патриархом. Только единомыслие могло их сблизить. Сразу после прибытия св. Алексия в Константинополь, или еще до этого, из Новгорода приезжает посольство с жалобой против покойного митрополита Феогноста, который почему-то не хотел дать архиепископу Моисею крещатых риз после того, как дал их его предшественнику. На эту жалобу Патриарх Филофей ответил весьма милостивым посланием. В Новгородской летописи под 1354 г. сказано: "того же лета приидоша послове архиепископа новгородскаго владыки Моисиа от Царяграда и привезоша ему ризы хрестьчаты и грамоты с великим пожалованием от царя и патриарха и златою печатью". Но когда прошло время, и св. Алексий стал более известен Патриарху, то патриаршее послание к Новгородскому архиепископу написано уже в ином тоне: по случаю возведения Алексия в митрополиты всея Руси, Патриарх настоятельно и решительно приглашает новгородского владыку оказывать своему новому митрополиту беспрекословное и полное повиновение, при. этом предписывает ему обращаться в патриархию лишь с ведома и согласия св. Алексия, за исключением только одного случая, если бы последний отнял у него данные ему Патриархом крещатые ризы. "И не найдешь от нас совершенно никакой помощи, если, паче чаяния, явишься непослушным и непокорным к утвержденному митрополиту твоему".
Во все время своего правления святитель Алексий пользовался поддержкой со стороны Патриарха Филофея. Например, Новгородский владыка Алексий, непокорный и своевольный, лишается Патриархом своей привилегии — крещатых риз и ему, кроме того, угрожает опасность лишиться сана (1370 г.). В том же году Патриарх Филофей пишет в грамоте русским князьям: "А посему, так как и вы имеете там вместо меня святейшего митрополита Киевского и всея Руси, мужа честного, благочестивого, добродетельного и украшенного всеми добрыми качествами, способного, по благодати Христовой, пасти народ, руководить его к приобретению спасения, утешать скорбные души и утверждать колеблющиеся сердца, как и вы сами знаете, изведав его достоинства и святость, то вы обязаны оказывать ему великую честь и благопокорность". Такова характеристика, которую дает Патриарх Филофей св. Алексию. Еще характернее его послание к князю Димитрию Донскому: "Ибо я, — пишет Патриарх, — как общий, свыше от Бога поставленный отец для христиан, находящихся по всей земле, по долгу своему, обязан и всегда стараюсь и забочусь о их спасении и молю за них Бога. Преимущественно же сие исполняю в отношении к вам потому, что среди вас именно обретаю народ Христов, который имеет в себе страх Божий, любовь и веру. Молюсь и люблю всех вас, повторяю, более других. Твое же благородство еще более люблю и молюсь за тебя, как за сына своего, за любовь и дружбу к нашей мерности, истинную веру во Святую Церковь Божию и искреннюю любовь и покорность к святейшему митрополиту Киевскому и всея Руси, возлюбленному во Св. Духе брату нашей мерности. Я знаю, что ты искренно расположен к нему, любишь его и оказываешь ему совершенную покорность и повиновение, как он сам писал ко мне, и тем более я возлюбил тебя и молюсь о тебе. Поступай же, сын мой, точно так и вперед, дабы иметь молитву мою и на будущее время, и будешь иметь еще большие блага: и жизнь беспечную и царство несокрушимое в настоящей жизни, а в будущей наслаждение вечными благами"... Лично к митрополиту обращается Патриарх следующими словами: "Ты знаешь сам и притом хорошо любовь и благорасположение, которые питаю к священству твоему: я питаю к тебе любовь особенную и полное сочувствие, крепко люблю тебя и имею как близкого друга, и весьма желаю, чтобы ты писал, да знаем о тебе, о месте твоем, об управлении и великом стаде твоем. Знаю и вполне уверен, что и ты любишь меня и питаешь дружбу к нашей мерности. И если в чем нуждаешься, пиши о том с полной уверенностью, что я исполню". Так может писать исихаст только своему полному единомышленнику.