В своем учении о душе Киреевский указывает на ее иерархический строй. В основу учения он кладет "исконный христианский антропологический дуализм, различение "внешнего" и "внутреннего" человека. Он различает, выражаясь современными психологическими терминами, "эмпирическую сферу души" с ее многочисленными функциями от ее глубинной сферы, лежащей ниже порога сознания, центральное средоточие которой можно назвать "глубинным Я". Это те силы духа, которые отодвинуты внутрь человека (за порог сознания) грехом, и благодаря чему нарушена та исконная цельность, в которой таится корень индивидуальности и ее своеобразие. Эти силы, этот внутренний человек, закрыт от сознания властью греха. Преодолением греха и "собиранием" сил души надо стремиться связать эмпирическую сферу с глубинным центром, этим "внутренним средоточием", подчиняя ему эту сферу. "Главный характер верующего мышления, — говорит Киреевский в этом замечательном отрывке, — заключается в стремлении собрать все силы души в одну силу, надо отыскать то внутреннее средоточие бытия, где разум и воля, и чувство, и совесть, прекрасное и истинное, удивительное и желаемое, справедливое и милосердное, и весь объем ума сливаются в одно живое единство и, таким образом, восстанавливается
существенная личность человека в ее первозданной неделимости" (II, 337). В этой восстановленной цельности сил иерархический примат принадлежит моральной сфере, от здоровья которой зависит здоровье всех других сторон, или свойств души.Основное положение в своем учении о познании (гносеология) Киреевский выражает так: "Тот смысл, которым человек понимает Божественное, служит ему к разумению истины вообще" (II, 306). Другими словами, — "познание реальности есть функция Богопознания".
Это чрезвычайной важности свойство познавательной способности души и лежит в основе гносеологических построений Киреевского и дает ключ к разумению последних. "В основной глубине человеческого разума, в самой природе его, заложена возможность сознания его коренных отношений к Богу" (II, 322), т.е. к вере. Вера, Богопознание — это есть глубокое таинственное единение не только духа человека, но и всей его личности в ее цельности с Богом — этой высшей единственно истинной реальности.
Подобно этому и познание реальности вторичной, тварной должно касаться не только одного разума, но и "всем существом своим в его целом приобщаться реальности". Глубина познания, "овладение реальностью" той истиной, которая в ней скрыта, совершается не одним умственным познанием, но "свечением смысла, его осуществлением во внутреннем средоточии человека". Это возможно только в цельности духа, собранности всех его сил.
Но в грехопадении строй души поврежден, и хотя ущерблена также и вера и отодвинута вглубь души, но ей все же осталась присуща та сила, которая может восстановить утерянную цельность духа и в той мере, в какой вера сохранилась во внутреннем средоточии духа, она восполняет естественную работу ума и "вразумляет ум, что он отклонился от своей первоестественной цельности, и этим вразумлением побуждает к возвращению на степень высшей деятельности", т.е. подняться выше своего "естественного" состояния. "Ибо православно-верующий знает, что для цельности истины нужна цельность разума и искание этой цельности составляет постоянную задачу его мышления" (II, 311)... "Таким образом, в мышлении верующего происходит двойная работа: следя за развитием своего разумения, он вместе с этим следит и за самым способом своего мышления" (II, 312) (контролирует правильность его деятельности), "постоянно стремясь возвысить разум до того уровня, на котором бы он мог сочувствовать вере" (II, 312), и благодаря этому поврежденность нашего ума по причине распада цельности восполняется тем, что вносит в наш дух вера. Здесь нет места насилию над разумом, которое подрывало бы его свободу и творческие силы, но возведение разума с низшей ступени на высшую.