Незабываемое торжество переноса мощей Матушки началось литией у могилы подвижницы в 3 часа 30 минут утра. К этому времени прибыли духовенство и монашество Голосеевской пустыни, а также приглашенные прихожане и почитатели Старицы. Темноту кладбища осветили множество зажженных свечей, которые держали в руках все присутствующие. Торжественно и знаменательно звучали слова пасхального песнопения “Христос Воскресе из мертвых, смертию смерть поправ и сущим во гробех живот даровав!” Волнительны были эти последние минуты перед совершением столь великого события, благоговейный трепет и одновременно духовная радость охватывали сердца. Вскоре после совершения панихиды были установлены прожектора, освещающие могилу и аппаратура, с помощью которой были начаты работы по разрушению цоколя и арматурно-бетонного пояса вокруг могилы, которое было сделано осенью 2005 года для того, чтобы временно предохранить могилу от возможного повторного акта вандализма. Среди присутствующих находились представители, санитарно-эпидемиологической службы Киева и судмедэксперты, которые документально фиксировали факт законного обретения мощей. План ведения работ был тщательно разработан, были подготовлены соответствующие инструменты, аппаратура, осветительные приборы, дополнительные материалы. Работа шла быстро и отлажено. Рабочих кладбища сменили монашествующие и священство. Ни на минуту не умолкали пасхальные песнопения. Вскоре цоколь и бетонный пояс были сняты. Обломки были удалены и расчищен песок. Теперь темп работ был снижен, в узкое пространство могилки опустился настоятель Голосеевской пустыни архимандрит Исаакий (Андроник) и принял на себя ведение работ. У небольшого пространства вокруг края могилы склонились присутствующие и с замиранием сердца следили за тем, как отец Исаакий бережно копает лопатой песок могилы и ссыпает его в подготовленные мешки. Настали самые напряженные минуты. Стоявшие у края могилы передавали новые сведения происходившего стоявшим сзади. После длительного периода работы отец Исаакий начал аккуратно разгребать руками песок для того, чтобы не повредить мощи. Вскоре показалось тело Старицы, которое лежало в мантии. Гроб полностью не сохранился. В песке находились его небольшие части. Тут же к краю могилы был поднесен новый временный гроб, в который опустили найденные иконы из гроба Матушки. Также была найдена баночка с кристально чистой святой водой, которая столько лет пролежала в земле. Удивительно было то, что тело Матушки лежало в мантии, словно в купели. Отец Исаакий со всех сторон приподнял мантию, с помощью иеромонаха тело Старицы было поднято из могилы в новый гроб и с торжественным пением “Святый Боже, Святый Крепкий, Святый Бессмертный, помилуй нас” крестным ходом было доставлено в машину.
Сопровождал торжественный кортеж машин наряд ГАИ из Деснянского и Голосеевского районов, а также городской наряд милиции. При въезде в монастырь открылась удивительная картина – мощи Старицы встречало многочисленное духовенство и насельники пустыни. С необыкновенной радостью и благоговейным трепетом они встретили мощи и крестным ходом перенесли их в соборный храм иконы Божией Матери “Живоносный источник”, где была совершена полная панихида.
Своими впечатлениями данного великого события делится Мария Александровна Скидан, которая в течение двадцати шести лет была келейницей матушки Алипии: “18 мая 2006 года на Лесном кладбище, когда поднимали мощи матушки Алипии, я стояла в стороне. Потом подошла и заглянула в могилку и увидела, что работы будут продолжаться еще совсем недолго – скоро должен был показаться гроб блаженной старицы. Потом я снова отошла на то место, где стояла до этого. Услышав необыкновенно дивное пение птиц, я подняла глаза вверх к небу. В это время я заметила, что верхушки сосен необыкновенно волнуются – то поднимаются, то опускаются. Рядом со мной стояла женщина, которая также обратила на этот факт внимание. Мы посмотрели дальше в лес и убедились, что сосны наклонялись только над могилкой. Деревья вокруг стояли спокойными и ветра этим чудным спокойным утром не было. Мы наблюдали минут десять. Потом меня позвали к могиле посмотреть на обретенные иконы Матушки. Я рассматривала их, потом увидела, как мгновенно прошло сияние над архимандритом Исаакием. Оно прошло от его рук, по плечам и по голове. В это время батюшка поднял голову – на его лицо нельзя было смотреть, оно стало другим, неземным лицом – лицом молодого юноши. Но это длилось недолго. Вскоре его лицо стало прежним. Я никому о своих впечатлениях не говорила, но с удивлением услышала подобные впечатления от других людей”.
Также рассказывает Акулова Надежда Степановна: “Милостию Божией я сподобилась побывать на Лесном кладбище ночью 18 мая 2006 года. Отслужили литию, начали копать могилу матушки Алипии. И вот, когда архимандрит Исаакий поднял иконы Матушки и уже открылось тело Старицы, я увидела как что-то засияло. Свет был необычным – то сиреневым, то красным. Просто зарево – такое от земли исходило сияние! Вскоре оно исчезло”.