Разорив всю страну, он подступил к Иерусалиму и начал его осаду. Египтяне пытались помочь Седекии, но были разбиты. Больше иудеям не на кого было рассчитывать. В течение восемнадцати месяцев они мужественно выдерживали упорную осаду и штурмы вавилонян. Осаждавшие подвели к стенам крепости насыпи и соорудили высокие башни, с которых обстреливали защитников города. Иудеи терпели жестокий голод, множество их пало от рук врагов и болезней. В этот критический момент Иеремия призвал народ покинуть обреченный город. Он обратился к осажденным с такими словами: «Так говорит Господь. «Кто останется в этом городе, умрет от меча, голода и моровой язвы; а кто выйдет к халдеям, будет жив, и душа его будет ему вместо добычи, и он останется жив». Так говорит Господь: «Непременно передан будет город сей в руки войска царя вавилонского, и он возьмет его». Разгневанный царь велел схватить пророка и бросить его в глубокую яму во дворе тюрьмы. Позже он был освобожден, но содержался под стражей.
В 587 г. до Р.Х., когда силы иудеев оказались окончательно подорваны, вавилоняне ворвались внутрь укреплений. Узнав об этом, Седекия пытался бежать, но был захвачен в плен. Навуходоносор приказал перебить всех сыновей царя, выколоть ему глаза и в оковах отослать в Вавилон. Вавилоняне разграбили Иерусалим, а затем разрушили его до основания. Разрушен был и Храм Господень, а его сокровища расхищены. Всех оставшихся в живых иудеев угнали в Вавилонию. Иудейское царство перестало существовать.
Иеремию Навуходоносор приказал освободить и впредь не чинить ему никаких притеснений. Пророк поселился сначала в Массифе, но, когда она была разорена непокорившимися иудеями, он переселился в Египет, в город Тафнис. Он чувствовал, что жизнь его подходит к концу, и пробегал ее всю мысленным взором. Как не походили друг на друга эпохи его молодости и старости! На том месте, где некогда лежала богатая и цветущая страна, теперь в полном смысле слова простиралась пустыня: города лежали в развалинах, все население было угнано на чужбину. Но пророк знал, что история Иудеи не окончилась — пройдя через горнило распада и разгрома, она начинала теперь долгий путь к возрождению. И вот, незадолго до смерти он пишет последнюю книгу, которую отправляет в Вавилон. Тон ее разительно отличался от всего того, что ему приходилось говорить прежде — на место суровым обличениям и горькой нелицеприятной правды, которую он всегда смело бросал в лицо народу, пришли слова надежды и утешения. Иеремия писал: «Вот наступают дни, говорит Господь, когда Я заключу с Израилем и Иудой Новый Завет. Он будет не таким, какой Я заключал с их праотцами, когда взял их за руку, чтобы вывести их из земли Египетской. Хотя они нарушили Мой Завет, Я оставался в союзе с ними, говорит Господь. Но вот Завет, который Я заключу с Израилем после тех дней, говорит Господь; Я вложу Закон Мой в них самих и на сердцах их напишу его; и стану Я для них Богом, а они будут Моим народом. Не нужно уже будет им учить друг друга познанию Бога: все они от малого до великого будут знать Меня, говорит Господь, ибо прощу Я беззакония их и не буду вспоминать грехов их. Так говорит Господь, который дал солнце для света днем, а луну и звезды для света в ночи, Который волнует море так, что шумят его волны; Яхве Савоаф — имя Его».