Вскоре после прибытия в Тарутино Барклай из-за постоянных конфликтов с Кутузовым покинул армию и вернулся в нее только в феврале 1813 года, во время заграничного похода, получив назначение командующим 3-й армией вместо заболевшего Тормасова.
К уходу из Москвы Наполеона подтолкнуло как полное разложение его армии, так и поражение, которое потерпел корпус Мюрата в столкновении с русскими войсками 18 октября у Тарутина. 19 октября французские войска начали покидать русскую столицу. Наполеон приказал взорвать Кремль. К счастью, взрыв не состоялся. Ливень подмочил запальные фитили, и часть зарядов было обезврежено жителями и подоспевшими казачьими разъездами. От нескольких небольших взрывов пострадали Кремлевский дворец, Грановитая палата, колокольня Ивана Великого, несколько башен и часть Кремлевской стены.
24 октября французская армия попыталась захватить Малоярославец, чтобы выйти на Калужскую дорогу и обеспечить себе отступление по еще не разоренным войной губерниям. Город восемь раз переходил из рук в руки и в конце дня остался за французами. Однако армия Кутузова, отступив от Малоярославца, по-прежнему преграждала неприятелю путь на Калугу. Наполеон понял, что на юг ему не пробиться, и повернул на Старую Смоленскую дорогу.
Теперь Великой армии пришлось отступать по тем губерниям, которые она уже основательно опустошила во время похода на Москву. Французов постоянно тревожили партизанские отряды, казаки и регулярная русская кавалерия. Несколько раз главные силы русской армии настигали крупные соединения неприятеля и громили их — под Вязьмой 3 ноября и под Красным 18 ноября. Параллельно на севере корпус Витгенштейна разбил 31 октября корпус Удино в сражении при Чашниках в Белоруссии.
Русский император и Кутузов собирались полностью окружить и уничтожить Великую армию на Березине. Армия Кутузова к тому времени вдвое превышала армию Наполеона. С севера к Березине должен был также подойти корпус Витгенштейна, а с юга — 3-я армия под командованием адмирала П.В. Чичагова. Адмирал первым вышел к Березине — уже 9 ноября и занял переправу в городе Борисове. Оттепель мешала французам строить мосты. Однако Наполеон воспользовался тем, что Кутузов отстал от него на три перехода и оставил открытой значительную часть берега реки. Французские саперы имитировали наведение переправы у села Ухолоды. Когда Чичагов перебросил сюда свои основные силы, Наполеон быстро навел переправу в другом месте — у деревни Студенице (Студянки). Переправа Великой армии через Березину началась 27 ноября, а уже на следующий день к реке подошли войска корпуса Витгенштейна и авангарды армии Кутузова. Бои завязались на обоих берегах Березины. Русские войска взяли трофеи и пленных, но упустили французского императора. Всего на Березине Великая армия лишилась до 50 тысяч своих солдат.[5]
Французский император с гвардией был 29 ноября уже за пределами кольца, на подходе к Зембину.Главную вину за то, что упустили Наполеона, Кутузов, совершенно несправедливо, возложил на Чичагова. Сам же французский император в сопровождении небольшой свиты и конного эскорта 5 декабря 1812 года в Сморгони покинул остатки армии и отправился в Париж, куда прибыл 18 декабря. Он собирался сформировать новую армию и попытаться продолжить борьбу в Европе.
Если бы с Наполеоном было покончено на Березине, то война с Францией наверняка закончилась бы в несколько месяцев. Но Бонапарту удалось ускользнуть, и агония его империи затянулась на два с лишним года.
При отступлении солдаты «Великой армии» из-за страшного голода порой не брезговали каннибализмом. Кутузов 10 ноября 1812 года бесстрастно сообщал жене: «Вчерась нашли в лесу двух, которые жарят и едят третьего своего товарища». Невозможность наладить снабжение 600-тысячной армии в условиях больших пространств и сравнительной бедности и гораздо меньшей, чем в Западной Европе, плотности населения, стала для Наполеона неразрешимой задачей. Это привело Великую армию к гибели.
Из 647 тысяч человек, участвовавших в русском походе, обратно через Неман перешли примерно 30 тысяч французов, поляков, итальянцев и немцев. В более или менее полном виде уцелели лишь действовавшие на флангах 20-тысячные корпуса австрийцев, пруссаков и саксонцев. Из попавших в русский плен также мало кто пережил суровую зиму 1812/13 года.