На момент своего ареста Ходорковский использовал свои капиталы, чтобы «купить» большинство оппозиционных партий в Российской Думе до предстоящих президентских выборов 2004. Его цель, согласно источникам в российской прессе, заключалась в том, чтобы провести в Думе поправки в российский «Закон о недрах», который мешал ЮКОСу или другим частным компаниям получить прямой контроль над сырьевыми источниками на местах или над развивающимися частными трубопроводами, независимыми от российских государственных трубопроводов.
В июле 2003 он провел переговоры в Вашингтоне с «нефтяным стратегом» в администрации Буша вице-президентом Чейни. Среди обсужденных с Чейни вопросов был и план продать до 40 % «ЮКОСа» одному из американских нефтяных гигантов: «Эксон Мобил» или «Шеврон Тексако» (бывшая фирма Конди Райс). Чтобы обсудить окончательные детали сделки, Ходорковский затем пригласил бывшего президента Джорджа Буша-старшего, представлявшего влиятельную вашингтонскую фирму с частным акционерным капиталом «Карлайл груп». Буш-старший побывал в Москве за несколько недель до ареста Ходорковского. Если бы правительство Путина одобрило эту сделку, то это приобретение значительно сдвинуло бы контроль над российскими нефтяными и газовыми ресурсами в пользу США. Это последовало за шагами «Бритиш Петролеум», близкого союзника Тони Блэра, по приобретению серьезных активов в российских нефтяных ТНК.
Была еще одна причина, по которой путинское правительство вмешалось, чтобы блокировать захват американцами большей части ЮКОСа в 2003 году. Россияне были в числе почти единственных ученых во всем мире, за исключением небольшой горстки на Западе, которые знали, как найти практически неограниченные запасы нефти и газа. Такое преимущество России, восседающей на огромных залежах нефтяных и газовых ресурсов и в непосредственной близости от крупнейшего растущего потребителя нефти, Китая, очевидно, было не тем, что понравилось бы вашингтонским стратегам. Если бы США скупили это «ноу-хау», это бы значительно обесценило московские геополитические карты.
Российская наука о нефти имела кое-что, чего нет на Западе. Во времена Холодной войны Россия, тогда еще Советский Союз, была вынуждена замкнуться в себе, чтобы достичь энергетической самообеспеченности. В начале 1950-х Сталин приказал ученым советской Академии наук найти способ сделать СССР независимым от Запада в плане энергии, особенно, от нефтяных поставок.
В 1951 году профессор советской Академии Николай Кудрявцев впервые представил теорию, которая шла вразрез со всеми предыдущими. В отличие от западных геофизиков и нефтяных геологоразведчиков он утверждал, что нефть не является продуктом биологического происхождения и произошла не из останков динозавров. На самом деле она представляет собой «первичный материал из глубин, который транспортируется под высоким давлением с помощью «холодных» процессов извержения в земной коре».
В 1956 году профессор Владимир Борисович Порфирьев, геолог, академик АН УССР, лауреат Государственной премии УССР, заявил в Москве на конференции по вопросам нефтяной геологии, что «подавляющее преобладание геологических данных приводит к выводу, что сырая нефть и природный сопутствующий газ не имеют внутренней связи с биологическим веществом, родившимся вблизи поверхности Земли. Они являются первичными материалами из глубин, которые выталкиваются под высоким давлением». Именно этот радикально отличавшийся русский и украинский научный подход к разведке нефти позволил СССР разведать огромные газовые и нефтяные поля в регионах, ранее считавшихся бесперспективными в этом отношении, согласно западным геологоразведочным теориям. Новая нефтяная теория была применена сразу после распада СССР в начале 90-х годов при бурении геологоразведочных скважин в поисках нефти и газа в регионе, который более сорока пяти лет считался геологическим пустырем — в Днепро-Донецком бассейне между Россией и Украиной. Следуя абиотической или неископаемой теории глубинного происхождения нефти, российские и украинские нефтяные геофизики и химики приступили к подробному анализу тектонической истории и геологической структуры кристаллического фундамента Днепро-Донецкого бассейна. После тектонического и глубинного структурного анализа области они провели геофизические и геохимические исследования. В общей сложности была пробурена шестьдесят одна скважина, из которых тридцать семь оказались коммерчески продуктивны — очень впечатляющий геологоразведочный успех, почти шестьдесят процентов. Размер обнаруженного месторождения сравним с месторождением на Северном Склоне на Аляске. И напротив, бурение скважин в США приносило удачу лишь в одном случае из десяти. Девять из десяти скважин, как правило, были «сухими».