Сдвиг мусульман к цивилизационному самоосознанию оказался даже еще более заметен. До тех пор пока не разгорелась война, боснийские мусульмане были крайне светскими в своих взглядах, полагали себя европейцами и считались самыми убежденными сторонниками мультикультурного боснийского общества и государства. Однако с распадом Югославии ситуация начала меняться. Подобно сербам и хорватам, на выборах 1990 года мусульмане отвергли многообщинные партии, подавляющее число голосов отдав за Мусульманскую демократическую партию действия во главе с Изетбеговичем. Он – убежденный мусульманин, при коммунистическом правительстве за свою исламскую деятельность подвергался тюремному заключению. В своей книге «Исламская декларация», опубликованной в 1970 году, Изетбегович утверждал о «несовместимости ислама с неисламскими системами. Не может быть ни мира, ни сосуществования между исламской религией и неисламскими социальными и политическими институтами». Когда исламское движение обладает достаточной силой, оно обязано взять власть и создать исламскую республику. Особенно важно, чтобы в этом новом государстве образование и средства массовой информации «были бы в руках людей, чей исламский моральный и интеллектуальный авторитет бесспорен» [7]. Когда Босния добилась независимости, Изетбегович поддерживал идею многоэтнического государства, в котором мусульмане стали бы доминирующей группой, хотя и не составляли бы подавляющего большинства. Тем не менее он вовсе не стал противодействовать вызванной войной исламизации своей страны. Его нежелание публично и недвусмысленно отказаться от идей, изложенных в «Исламской декларации», породило опасения у немусульман. По мере продолжения войны боснийские сербы и хорваты уходили из районов, контролируемых боснийским правительством, а те, кто оставался, обнаруживали, что их постепенно вытесняют с рабочих мест и отстраняют от участия в общественной жизни. «В мусульманском национальном обществе ислам приобретал все большую значимость, и… ясно определенная мусульманская национальная идентичность стала частью политики и религии». Мусульманский национализм в противопоставление боснийскому мультикультурному национализму все в большей степени отражался в средствах массовой информации. В школах распространялось религиозное обучение, в новых учебниках особо подчеркивались преимущества османского правления. Поощрялся боснийский язык как совершенно отличный от сербскохорватского, и в него включалось все больше и больше турецких и арабских слов. Правительственные чиновники подвергали критике смешанные браки и трансляцию по радио и телевидению сербской музыки – музыки «агрессоров». Правительство поощряло исламскую религию и отдавало предпочтение мусульманам при найме на работу и при повышениях в должности. Что более важно, исламизировалась боснийская армия, и к 1995 году мусульмане составляли свыше 90 % ее личного состава. Все больше и больше армейских частей отождествляли себя с исламом, соблюдали исламские обряды и использовали мусульманские символы, причем элитные части были в наибольшей степени исламизированными, а численность их увеличивалась. Эта тенденция привела к протесту, направленному Изетбеговичу пятью членами боснийского президентского совета (включая двух хорватов и двух сербов), который он отклонил, и к отставке в 1995 году премьер-министра Хариса Силайджича, известного своей ориентацией на мультикультурное общество [8].
Постепенно мусульманская партия Изетбеговича распространяла свой контроль над боснийским государством и обществом. К 1995 году она доминировала «в армии, на государственной службе и на государственных предприятиях». Как сообщалось, «для мусульман, которые не принадлежат к партии, не говоря уже о не-мусульманах, трудно получить достойную работу». Партия, как заявляли критики, «превратилась в орудие исламского авторитаризма, перенявшего привычки коммунистического правительства» [9]. Еще один наблюдатель сообщал:
Мусульманский национализм приобретает все более крайние формы. Теперь он не обращает внимания на национальные чувства других; это – собственность, привилегия и политический инструмент недавно ставшей преобладающей мусульманской нации… Главным результатом этого нового мусульманского национализма является движение в сторону национальной гомогенизации… Все в большей мере исламский религиозный фундаментализм приобретает также влияние и на определение мусульманских национальных интересов [10].
Усиление религиозной идентичности, вызванное войной и этническими чистками, предпочтения лидеров страны и поддержка и давление, оказываемые другими мусульманскими государствами, медленно, но верно превращали Боснию из балканской Швейцарии в балканский Иран.