Между тем с Кашмиром нужно было что-то делать. В армии назревало недовольство, и даже светские политики чувствовали, что Кашмир, как мусульманское государство, следует сделать частью Пакистана. Махараджа начал тайные переговоры с Индией, а доведенный до отчаяния Джинна решился на военную операцию, не считаясь с высшим британским командованием. Пакистан должен продвинуться в Кашмир и захватить Шринагар. Джинна сделал младшего коллегу из Пенджаба Сардара Шаукат Хайят-хана ответственным за эту операцию.
Во время войны Шаукат был капитаном и провел несколько месяцев в итальянском лагере для военнопленных. По возвращении он ушел в отставку и вступил в Мусульманскую лигу. Он стал одним из самых популярных ее лидеров в Пенджабе, был предан Джинне и донельзя враждебно относился к Лиакату, которого считал карьеристом. Он страстно желал добиться титула «Лев Пенджаба», чтобы этот титул скандировали в его честь на публичных митингах. Избалованный, самовлюбленный и падкий на лесть, Шаукат был опереточным воякой. Он выдвинулся благодаря неожиданной смерти своего отца, избранного премьер-министра прежнего Пенджаба. Он был не единственным, кто в дни кризиса смог подняться выше собственных недостатков. Я хорошо его знал, поскольку он был моим дядей. К чести его, однако, он возражал против использования нерегулярной армии и хотел, чтобы операция ограничивалась привлечением регулярного и запасного военного персонала. Над ним взял верх премьер-министр, который настоял, чтобы в операции принял участие его крикливый протеже Хуршид Анвар. Анвар, вопреки всем советам военных, поставил под ружье пуштунские племена, призвав их к джихаду. Чтобы возглавить это нападение, были выбраны два необычайно способных военачальника — Акбар-хан и Шер-хан из полка пограничных сил 6/13 («волынщики» в армии старой Индии).
Вторжение было назначено на 9 сентября 1947 года, однако его пришлось отложить на две недели: Хуршид Анвар в те же самые дни решил жениться и хотел провести короткий медовый месяц. Между тем из-за того, что Анвару не хватало благоразумия, один из военачальников пакистанской армии, бригадир Ифтихар Алихан, прослышал о том, что затевается, и сообщил эту новость генералу Мессерви, главнокомандующему пакистанской армии. Тот немедленно проинформировал Окинлека, которой довел эту информацию до Маунтбаттена, который в свою очередь передал ее новому индийскому правительству. Воспользовавшись планируемым вторжением как поводом, Конгресс послал заместителя Неру Сардара Пателя оказать давление на махараджу с целью включить Кашмир в состав Индии, в то время как Маунтбаттен приказал подразделениям индийской армии приготовиться к чрезвычайному десанту в Шринагар.
Вторжение началось, когда Анвар вернулся после медового месяца обратно в Равалпинди. Основной его целью было взятие Шрина-гара и занятие аэропорта с тем, чтобы обезопасить его от вторжения индийцев. Однако в течение недели армия махараджи развалилась. Хари Сингх бежал в свой дворец в Джамму. 11-й Сикхский полк индийской армии к тому времени добрался до Шринагара, однако, ожидая подкрепления, не входил в город. Пуштуны под командованием Хуршида Анвара остановились, достигнув Барамуллы, всего в часе езды на автобусе от Шринагара, и отказались идти дальше. Здесь они устроили трехдневный кутеж, грабя дома, нападая и на мусульман, и на индусов, насилуя и женщин, и мужчин, кроме всего прочего, они похитили деньги из кашмирской казны. В местный кинотеатр сгоняли всех, кого собирались изнасиловать; группа пуштунов захватила монастырь Святого Иосифа, где бандиты изнасиловали и убили монахинь, в том числе и мать-настоятельницу, а также застрелили пару европейцев, которая там укрывалась. Известия об этих злодеяниях получили широкую огласку, и многие кашмирцы отвернулись от так называемых освободителей. Когда пуштуны в конце концов добрались до Шринагара, то так увлеклись грабежом магазинов, что даже не заметили, что аэропорт уже занят сикхами.
Махараджа тем временем подписал бумаги о присоединении Кашмира к Индии и потребовал помощи, чтобы отбить нападение пуштунов. Индия высадила воздушный десант и начала вытеснять пакистанцев из Кашмира. Спорадические схватки продолжались до тех пор, пока Индия не обратилась в Совет Безопасности ООН, который добился прекращения огня и провел между территорией Пакистана и Индии демаркационную линию. Кашмир также был разделен. Лидеры Конференции кашмирских мусульман переместились в направлении Музаффабада в оккупированном Пакистаном Кашмире, Шейх Абдулла сохранял контроль над самой долиной.