Приоритетным вопросом нового губернатора стал вопрос защиты и укрепления позиций православия. Ему предстояло не только расширить миссию православия в Западном крае, но и установить доброжелательный и конструктивный диалог с иноверческими церквями, иначе говоря, сочетать в религиозном вопросе имперские и национальные интересы. Одним из путей достижения поставленной цели стала школьная политика губернатора. Петр Аркадьевич стал активно добиваться признания образовательной значимости церковно-приходской школы. Это был не пустой вопрос, фактически речь шла о том, сможет ли русская церковная школа выйти из рамок культурной резервации, став достойным конкурентом светской системе образования. От успеха в этой работе напрямую зависел вопрос формирования местной православной элиты, так как в культурном слое, несмотря на значительное преобладание в Западном крае православного населения, по-прежнему доминировали поляки католики.
Для осуществления этой идеи Столыпин вместе с гродненским владыкой открывает в Красностокском монастыре двухклассную школу с целью подготовки учительниц церковных школ. Не исключено, что именно из числа двадцати двух ее выпускниц губернатор выбрал няню для своего единственного сына Аркадия. Это была воспитанница Красностокского монастыря Людмила Останькович, которая погибла впоследствии во время взрыва на Аптекарском острове, закрыв своим телом сына Столыпина.
Во время посещения Гродненской губернии министром народного просвещения Г.Э. Зенгером Столыпин приложил максимум усилий для гармонизации на практике усилий Синода и министерства в деле народного образования. Вместе с министром, епископом Гродненским и Брестским Иоакимом и попечителем учебных заведений он посетил ряд гродненских церковно-приходских школ. Эти посещения позволили ему доказать, что все сомнения «космополитического общества» относительно права православного духовенства распространять в народе грамоту лишены оснований. Подтверждением тому были ответы учеников Гродненской церковно-приходской школы имени графа М.Н. Муравьева на вопросы учителей и гостей. Этими ответами (высокое начальство побывало на уроках гражданской русской истории, географии, пения и Закона Божьего, а также на выставке рукодельных работ учениц школы) были удовлетворены буквально все присутствующие.
Стремление Столыпина защитить церковную школу как альтернативу земского обучения стало важным шагом в развитии школы на религиозных началах без ущерба в получении общих знаний. Причем речь шла не о насильственном обращении иноверцев, а о сохранении и защите нравственной чистоты православных детей, развитии их способностей и талантов. В создании этих очагов национального духа Столыпин видел будущую надежду России, что особенно актуально в наши дни.
В то же время следует еще раз подчеркнуть, что Столыпин не собирался унижать религиозные чувства гродненских инородцев или создавать помехи светской школе. Только осенью 1902 г. по его инициативе в Гродно были открыты еврейское двухклассное народное училище, ремесленное училище, оборудованное всеми техническими средствами обучения, а также женское приходское училище с третьим профессиональным классом.
Защищал Столыпин не только образовательные, но и имущественные права православной церкви. В начале XX в. в губернии, как и по всей стране, участились ночные кражи из сельских церквей. А между тем уездное полицейское начальство не проявляло энергичных и своевременных мер к поиску виновных в святотатстве. Чтобы побудить полицию к активной поимке преступников, гродненский губернатор поручает исправникам о каждой краже немедленно доносить ему лично «отдельным рапортом с подробным изложением обстоятельств, ее сопровождавших и выяснявшихся при первоначальном производстве дознания»[624].
Петр Аркадьевич оказывал поддержку православию и в решении исключительно церковных вопросов. Местные старожилы рассказывают, что Столыпин был первым, кто не на словах, а на деле поддержал гродненцев в их желании увековечить память о своих земляках, павших на полях Маньчжурии в Русско-японской войне, строительством Свято-Покровского храма. Когда городские власти стали чинить препятствия членам Софийского православного братства при выделении места для строительства, Столыпин сделал все от него зависящее, чтобы новый храм-памятник уже в 1909 г. поднялся ввысь всеми своими куполами. Выражением глубокого уважения гродненцев к своему бывшему губернатору стало решение от 5 октября 1907 г. об избрании П.А. Столыпина и его супруги О.Б. Столыпиной почетными членами Гродненского Софийского православного братства.