Вряд ли Лопухин мог предполагать, что он будет привлечен к суду как государственный преступник по инициативе Столыпина — его товарища по Орловской гимназии и даже дальнего родственника. Но дело не в Столыпине. Шурин Лопухина Урусов вспоминает: «На письменном докладе об аресте Лопухина, поданном министром Столыпиным царю, он, конечно, начертал: «Надеюсь, будет каторга».
«Преступление» Лопухина заключалось в расхождении с той позицией, которую власти заняли по отношению к разоблачению Азефа. В официальном сообщении в связи с арестом Лопухина было заявлено, что он «доставил [эсерам] доказательства против Азефа, известные Лопухину исключительно по прежней службе его в означенной должности, причем упомянутое деяние имело прямым последствием исключение Азефа из партии и прекращение для него возможности предупреждать полицию о преступных планах сообщества, ставящих целью совершение террористических актов первостепенной важности».
Суд был типичным фарсом — Лопухину вообще не позволили даже коснуться фактов, изобличающих Азефа в двойной игре. Приговор был — пять лет каторги, с лишением прав, Сенат несколько смягчил наказание — каторга была заменена ссылкой.
Конечно, после увольнения в 1905 г. Лопухин предпринимал недопустимо либеральные действия. В 1906г., он, уже в качестве частного лица, явился на прием к Витте и сообщил, что в полиции под руководством Д.В.Трепова и при участии П.И.Рачковского была создана и действует секретная группа, изготовляющая «провокаторские прокламации». Он попросил Витте (а потом и Столыпина) закрыть эту «подпольную» типографию.
Витте потребовал доказательств, и Лопухин принес ему образцы отпечатанных «прокламаций». Но Витте, как сам он признается, не дал делу хода, считая некорректным разглашение служебной тайны. Тогда Лопухин отдал документы Урусову, и тот сообщил об издании провокационных прокламаций на заседании Думы 8 июня 1906 г.
В 1907 г. Лопухин выпустил книгу с критикой жандармско-полицейской системы в России — «Из итогов служебного опыта. Настоящее и будущее русской полиции». Он писал о политической полиции: «Охрана государственной власти в руках корпуса жандармов обращается в борьбу со всем обществом, а в конечном счете приводит к гибели и государственную власть, неприкосновенность которой может быть обеспечена только единением с обществом. Усиливая раскол между государственной властью и народом, она создает революцию. Вот почему деятельность политической полиции представляется не только враждебной народу, но и противогосударственной».
После возвращения из ссылки в 1913 г. Лопухин стал виднейшим юристом в области банковского дела. После Октября он пять лет жил в Москве, затем с разрешения правительства выехал во Францию. Одна эмигрантская газета позже отмечала: «При захвате большевиками в Петербурге банков значительная доля забот и переговоров с новыми господами выпала на долю Лопухина, обнаружившего при этом обычную смелость и присутствие духа».
Что выявило его дело? Лопухин был в умеренной оппозиции к царскому правительству, но его разоблачения показывали обществу, что разложение царизма проникло даже в полицейский аппарат. Даже в условиях чрезвычайных полномочий этот аппарат демонстрировал свое бессилие и стал практиковать аморальный прием — провокацию. А людей, подобных Лопухину, мыслящих своих доброжелателей, самодержавие зачисляло в разряд «предателей». За то, что они указывали на приближающийся революционный взрыв и пытались его предотвратить. Столыпин же, «модернизируя» государство с разрушением присущей ему этики, этот взрыв приближал.
Б.И.Николаевский пишет: «Как ни относиться к деятельности самого Лопухина на посту директора Департамента полиции и как ни расценивать действительные мотивы его перехода в оппозицию, в одном историк должен во всяком случае отдать ему справедливость: он вполне прав, когда называет Столыпина прямым покровителем Азефа».
В верхах государственного аппарата в целом царила обстановка подозрительности. Это немаловажное обстоятельство разбирается в статье Б.В.Ананьича и Р.Ш.Ганелина «Николай II» («Вопросы истории», 1993, №2). После убийства Столыпина, в организации которого, видимо, участвовала охранка, подозрительность лишь усилилась. Министр внутренних дел Д.П.Святополк-Мирский вел свой дневник в форме дневника жены, диктуя ей записи. Кабинет Витте в Петербурге после его смерти был опечатан, а на его даче во Франции агенты охранки произвели обыск в отсутствие хозяев — искали дневники. В 1905-1906 гг. Витте, тогда председатель Совета министров, собрал коллекцию данных ему царем распоряжений в связи с подавлением революции. Когда Витте уходил в отставку, царь потребовал вернуть его записки, о чем Витте упоминает с сожалением — «там потомство прочло бы некоторые рисующие характер государя мысли и суждения».