После первого ареста и пыток в 56-м он будет еще раз арестован в 1957-м, в 1959-м — тяжело ранен в грудь в Чапаррале, где останется жив только благодаря своей выдержке: когда «гвардеец» несколько раз ткнет его штыком, чтобы убедиться, что Фонсека мертв, Карлос не издаст ни звука. В 1962-м он руководит партизанскими действиями в районе реки Коко. В 64-м его арестовывают в Манагуа. После полугодового заключения и жестоких пыток Фонсеку высылают в Гватемалу. Он возвращается. В 1965-м его вновь арестовывают и вновь высылают в Гватемалу. В августе 1967-го Фонсека возглавляет отряды в горах. В 1969-м его арестовывают в Коста-Рике. В октябре 70-го он будет (вместе с Умберто Ортегой, Руфо Марином и другими сандинистами, содержавшимися в тюрьмах Коста-Рики) обменян на коста-риканских заложников, захваченных бойцами СФНО.
В 1975-м Фонсека возглавляет подполье в столице страны — Манагуа, а в 1976-м уходит в горы, чтобы руководить боевыми действиями в департаменте Селайя. 7 ноября он погибнет в бою. В 1977 году Северный фронт партизан будет назван его именем.
В промежутках между боями и тюрьмами Фонсека успевает написать кучу книг и важнейших для сандинизма больших теоретических статей: «Идеи Сандино», «Краткий анализ партизанской борьбы в Никарагуа против диктатуры Сомосы», «Секретная хроника: Аугусто Сесар Сандино перед лицом своих палачей», «Кто такой сандинист?», «Сандино — партизан-пролетарий», «Заметки о положении в партизанском движении», «Из тюрьмы я обвиняю диктатуру», «Послание СФНО революционным студентам», «Никарагуа, час ноль», «Да здравствует Сандино!», «Новое о Дарио и Горьком», «Обзор интервенции США в Никарагуа», «Синтез некоторых актуальных проблем» — и много других. Работоспособность у этого человека была поразительная.
С 1962 года партизанское движение в Никарагуа развивается строго централизованно и планомерно — как герилья СФНО. Власти не могут справиться с партизанами ни на реке Бихао, ни на реке Коко. В 63-м СФНО впервые осуществляет акт «вооруженной пропаганды»: отряд под руководством Хорхе Наварро берет штурмом радиостанцию «Мундиаль» в Манагуа. Наварро зачитывает в эфир заявление СФНО.
Сандинисты проводят первые операции по самофинансированию — захватывают отделение правительственного банка (трофеи — тридцать пять тысяч кордоб) и отделение североамериканского банка «Америка» в Манагуа. Братья Сомоса бросают на поиски партизан даже авиацию. Безуспешно. На экспроприированные деньги закупается оружие, средства связи, типографское оборудование. Руководители экса банка «Америка» — Даниэль Ортега, Селим Шибле, Эдуардо Перес, Карлос Диас — будут позже схвачены в Гватемале и после долгих пыток выданы братьям Сомоса. Об этом торжественно объявят по национальному радио. Но окажется, что в глазах студентов сандинисты — не бандиты, а герои. Тысячи студентов выйдут на улицы Манагуа, требуя освобождения арестованных.
В 1966-м сандинисты уже могут похвастаться тем, что не только им помогают товарищи из-за рубежа, но и они возвращают долги: отряды партизан-сандинистов под командованием Оскара Турсиоса, Хорхе Герреро и Эдмундо Переса сражаются в Гватемале в партизанской армии Луиса Турсиоса Лимы.
В 1967-м сандинисты превращаются в лидеров студенческого движения. Диктатура сама помогает им в этом: 22 января «национальная гвардия» расстреливает в Манагуа из пулеметов антиправительственную демонстрацию, убив свыше 400 человек.
В ответ сандинисты распространяют герилью на город. 23 октября отряд СФНО во главе с Даниэлем Ортегой казнит одного из руководителей «национальной гвардии» — известного палача Гонсало Лакайо.
В 1969-м СФНО впервые демонстрирует свою силу соседним режимам, помогающим Сомосе. Сандинисты организуют побег из Центральной тюрьмы Коста-Рики Даниэля Ортеги и Хермана Помареса — накануне их выдачи Сомосе. Особенно удивляет коста-риканскую полицию побег Помареса, который при аресте был тяжело ранен.
Чтобы освободить других сандинистов, арестованных в Коста-Рике, бойцы СФНО устраивают в этой стране маленькую партизанскую войну. Когда в 70-м власти Коста-Рики оказываются вынуждены обменять арестованных сандинистов на своих пленных, на улицах Манагуа и Эстели начинается ликование.
В 1970-м «национальная гвардия» переходит к тактике превентивных репрессий. В партизанских районах гвардейцы разрушают дома, жгут посевы, режут скот, грабят и расстреливают крестьян, насилуют их жен и дочерей. Отчаявшиеся крестьяне в мае 1971 года организуют марш на Манагуа. По всей стране в знак солидарности с сандинистами происходят захваты церквей. Сомоса бросает против партизан авиацию.