В декабре 1941 года Совет по эвакуации выполнил свою задачу и был расформирован. А в январе 1942 года Косыгин в качестве представителя Государственного Комитета Обороны вылетел в блокадный Ленинград.
Положение горожан было критическим. К началу зимы практически все продовольственные запасы были исчерпаны. В городе не было воды, света, отопления. Смертность от голода и холода составляла до восьми тысяч человек в день.
Уже на следующий день Косыгину открылся весь ужас того, что выпало на долю ленинградцев. Проходя по улице, он увидел двоих мальчиков. Они везли хоронить своего товарища. Приглядевшись, Косыгин заметил, что у лежащего на санках мальчика дернулось веко. Тогда Алексей Николаевич взял ребенка на руки – и тот начал приходить в себя после голодного обморока. По распоряжению Косыгина мальчика накормили и вывезли из города.
Поначалу население Ленинграда эвакуировали на кораблях. А в феврале заработала знаменитая Дорога жизни. Благодаря этой ледовой дороге через Ладожское озеро удалось спасти множество людей. Большую роль в ее открытии сыграл Алексей Косыгин. Он организовал пункты эвакуации и восстановил работу железнодорожной ветки, ведущей к западному берегу Ладоги.
Предприятия, которые оставались в осажденном Ленинграде, остро нуждались в топливе. Весной 1942 года Государственный Комитет Обороны постановил: к 20 июня провести трубопровод по дну Ладожского озера.
На тот момент проект не имел аналогов в мире. Протяженность трубопровода составила 30 километров. В самой нижней точке труба прошла на глубине 13 метров под водой. Даже в мирное время осуществить работу такого масштаба за несколько недель казалось практически невозможным. А в военных условиях, под вражескими бомбардировками и артобстрелами, выполнение этой задачи было равносильно подвигу.
Контроль над строительством был возложен на Алексея Косыгина. Он лично руководил всеми этапами работы: начиная от исследований озерного дна и заканчивая сваркой труб, их монтажом и прокладкой. В итоге трубопровод был сдан досрочно. С конца июня 1942 года в Ленинград ежедневно поступало до 300 тонн бензина и керосина, которые были так необходимы для выживания города.
Алексей Николаевич не любил вспоминать о войне. Он вообще неохотно делился с окружающими своими чувствами. В военные годы, сталкиваясь со смертью и разрушением, Косыгин не давал воли переживаниям.
День Победы он встретил в должности председателя Совета народных комиссаров РСФСР, то есть главы правительства Российской Республики. К тому времени Сталин уже подбирал себе будущего преемника. На короткое время Косыгин вошел в ближний круг Сталина и даже получил от него прозвище – Арифмометр. Алексей Николаевич, обладавший феноменальной памятью на числа, был незаменим, когда требовалось уточнить те или иные данные.
Все это вызывало зависть давних сталинских приближенных, таких как Лаврентий Берия или Георгий Маленков. В верхних эшелонах власти процветали интриги и взаимное недоверие. Клавдия Андреевна предостерегала мужа:
Вскоре Косыгин почувствовал, что над ним нависла угроза. В 1949 году началась серия судебных процессов, известная как «ленинградское дело».
«Ленинградское дело» – судебное преследование партийных и государственных деятелей, работавших в Ленинграде (включая тех, кто после Великой Отечественной войны был выдвинут из Ленинграда на работы в Москву и другие областные центры). Арестованные были обвинены в подготовке государственного переворота, а также коррупции. Среди расстрелянных по «ленинградскому делу» были недавние сталинские выдвиженцы: председатель Госплана Николай Вознесенский и секретарь Центрального комитета партии Алексей Кузнецов. Основная масса документов по этому делу остается засекреченной до сего дня.
Жена Кузнецова была дальней родственницей Косыгина. Уже одно это было достаточным основанием, для того чтобы опасаться ареста. И действительно, в материалах «ленинградского дела» фамилия Косыгина неоднократно упоминалась.