После налета на типографию Лимонова власти объявили за арест Фрунзе награду. Узнав об этом, урядник Перлов усилил поиски. Он узнал, что революционеры устраивают сходки в местной больнице.
Когда Фрунзе проводил очередное собрание, дежурный, стоявший у окна, заметил, что к зданию приближается полицейский. Революционеры давно мечтали расквитаться с Перловым за разгром типографии. Фрунзе устроил засаду на выходе из больницы. У железнодорожного переезда началась перестрелка. Уходя от преследователей, урядник успел разглядеть их лица.
Целый месяц шуйская полиция прочесывала город. В конце концов Фрунзе схватили и поместили в тюремную камеру. В знак протеста местные рабочие объявили забастовку. У ворот тюрьмы собралась десятитысячная толпа, готовая взять ее штурмом. Власти стянули войска. Когда противостояние достигло высшей точки напряжения, Фрунзе вывели к толпе. Он попросил своих сторонников разойтись, чтобы не провоцировать кровопролитие. Вскоре арестанта под усиленным конвоем отправили во Владимир. Там, в губернской столице, его ждал суд.
После долгих разбирательств и заседаний Владимирский военно-окружной суд вынес Фрунзе смертный приговор через повешение за покушение на убийство полицейского. Потянулись томительные дни ожидания казни.
Каждое утро Фрунзе ждал, что откроется дверь камеры и его поведут на эшафот. Однако казнь все откладывалась. Именно в те дни он впервые почувствовал острые боли в желудке. От нездорового тюремного питания и нервного перенапряжения у него развилась язва.
Тогда Фрунзе еще не знал, что в его судьбе наметилась перемена. Это произошло благодаря вмешательству его младшей сестры Людмилы. Она обратилась к преподавателям Политехнического института, которые хорошо запомнили талантливого юношу и согласились написать ходатайства в его защиту.
С этими бумагами сестра Фрунзе пробилась на прием к командующему Московским округом генералу Плеве. Тот выслушал девушку – и заменил смертную казнь шестью годами каторжных работ. Фрунзе отбыл их в тюрьме города Николаева, а затем был выслан в Сибирь на «вечное поселение».
Однако даже вдалеке от центра политической борьбы, в селе Манзурка Иркутской губернии, Михаил Фрунзе не изменил делу своей жизни. Не прошло и года с момента его прибытия к месту ссылки, как он был арестован за создание подпольного кружка, в котором обучал ссыльных приемам военной организации.
Фрунзе отправили в Иркутскую тюрьму, но в одном из пересыльных пунктов ему удалось бежать из-под стражи. Комитет РСДРП снабдил его фальшивым паспортом и помог перебраться в Читу. Под именем Владимира Василенко Фрунзе устроился на работу в Забайкальское переселенческое управление.
До этого момента он всерьез не задумывался о женитьбе. Жизнь революционера не предполагала постоянных привязанностей. Все изменила встреча со служащей Управления Софьей Поповой, дочерью ссыльного народовольца. Молодых людей все чаще видели вместе.
В те годы Чита была провинциальным городом с небольшим набором доступных развлечений. Местная интеллигенция устраивала литературные вечера, совместные выезды на природу, любительские театральные постановки. Фрунзе стал душой таких мероприятий. Он прекрасно пел, танцевал, интересно рассказывал истории. Остроумный, обаятельный, талантливый – в него нельзя было не влюбиться.
Вскоре девушке представилась возможность спасти любимого от ареста. Когда Михаил по партийным делам отправился в Иркутск, от Софьи пришла телеграмма: «Был гостях Охапкин жди письма». Это означало, что Фрунзе ищет полиция. Оставаться в Прибайкалье было опасно. Он решил вернуться в европейскую часть России.
Шел третий год Первой мировой войны. Экономическое положение в стране ухудшилось. В крупных городах начались перебои со снабжением, были введены карточки на некоторые виды продуктов. В обществе и войсках росло недовольство действиями властей. Этим воспользовались представители оппозиционных партий. Они открыто призывали к свержению царского правительства.
В такой неспокойной обстановке Фрунзе под именем Михаила Михайлова прибыл в Минск и устроился статистиком в Земский союз.
Всероссийский земский союз помощи больным и раненым воинам – неправительственная организация, созданная в 1914 году вскоре после начала Первой мировой войны. Помимо своей основной задачи – оборудования госпиталей, санитарных поездов, пунктов питания, обучения медицинского персонала, – Земский союз также организовывал производство и доставку на фронт одежды и обуви.