После смерти Сталина Берия был абсолютно уверен в своей неуязвимости. Хрущева он всерьез не воспринимал, а от своего ближайшего друга Маленкова меньше всего ожидал удара. Однако Хрущеву, который в обстановке строжайшей секретности планировал заговор против Берии, удалось склонить Маленкова на свою сторону. Министр обороны Булганин обеспечил поддержку армии. Маршал Жуков тоже встал на сторону заговорщиков.
Обстоятельства ареста и смерти Лаврентия Берии до сих пор остаются предметом дискуссий.
По официальной версии, 26 июня 1953 года Берию вызвали на совещание Совета Министров СССР. Его обвинили в буржуазном перерожденчестве и в подготовке государственного переворота. По сигналу Хрущева в кабинет вошла группа генералов во главе с маршалом Жуковым. Берию арестовали и отвезли в подземный бункер штаба Московского военного округа. Там Лаврентий Берия в течение полугода ожидал суда.
Впрочем, в эту историю верят не все. Серго Берия высказал версию о том, что его отца убили сразу после ареста. И что сам арест происходил 26 июня не в Кремле, а в их особняке на Малой Никитской. По другой версии, Берия был расстрелян в бункере штаба Московского военного округа задолго до вынесения ему смертного приговора.
В деле Берии много странностей и нестыковок. Например, постановление на его арест было выписано 8 июля, то есть спустя 12 дней после официальной даты ареста. В материалах дела отсутствуют фотографии и отпечатки пальцев Берии после ареста, что было совершенно недопустимо в советском делопроизводстве. Нет ни одного протокола очных ставок, нет ни одной подписи самого Берии на документах.
Свидетели утверждают, что из бункера штаба Московского военного округа, где якобы находился арестованный, в помещение для допроса выводили человека с лицом, обвязанным полотенцем, в глубоко надвинутой на уши шляпе. Многие из тех, кто 23 декабря 1953 года присутствовал на суде над Лаврентием Берией, подтверждают факт, что живым они его там не видели. На этом процессе Берия (или его двойник) обвинялся в шпионаже в пользу Великобритании, попытке государственного переворота и других выдуманных преступлениях.
Еще задолго до решения суда, на посвященном Берии Пленуме ЦК, Хрущев определил его в «авантюристы» и «большие интриганы», припомнил его работу на мусаватистскую контрразведку, а затем заявил:
Печать распространила информацию, которая взбудоражила умы советских граждан, – о Берии, который насиловал женщин, не пренебрегая несовершеннолетними девочками. По слухам, их отлавливали на московских улицах сотрудники НКВД и привозили к министру на дом.
Именно обвинения в «моральном разложении» оказались в народной памяти самыми живучими. Да, слабый пол Берия действительно любил. Однако многие свидетельства говорят о том, что эти встречи происходили по взаимному согласию. Что же касается Нино Берии, то она давно знала о похождениях мужа. Еще в начале 1940-х годов супруги отдалились друг от друга, но решили поддерживать видимость брака для окружающих.
После ареста Берии Нино Теймуразовну вместе с сыном Серго заключили в Лефортовскую тюрьму. Ни она, ни сын не дали показаний против родного человека. Также не согласились свидетельствовать против Берии его арестованные ближайшие соратники.
24 декабря 1953 года газета «Правда» опубликовала материал об «уголовном деле по обвинению Берия Л. П. и других». В сообщении перечислялись «преступления» Берии и еще шести обвиняемых и объявлялось о вынесении приговора: расстрел. Жирным шрифтом напечатано: «Приговор приведен в исполнение».
Точное место захоронения Берии неизвестно до сих пор. Официально считается, что его прах похоронен в одной из общих могил на Новом Донском кладбище, однако справка о кремации тела отсутствует.