В результате репрессий многие должности в руководстве страны оказались свободны. На Маленкова легла ответственность за подбор новых кандидатур – тех, в чьей верности генеральной линии партии не было сомнений. В эти годы Георгий Максимилианович по долгу службы все чаще напрямую общался со Сталиным и вскоре стал пользоваться его особым доверием.
В середине 1938 года Сталин дал Маленкову указание найти человека, который мог бы заменить Ежова на посту наркома внутренних дел. В числе семи кандидатов, которых Маленков подобрал по партийной картотеке, был первый секретарь грузинского Центрального комитета партии Лаврентий Берия. Именно на нем Сталин остановил свой выбор.
А Георгию Максимилиановичу он поручил прочитать серию закрытых докладов, направленных против так называемых перегибов в деятельности НКВД. В итоге были восстановлены в партии десятки тысяч коммунистов. 10 апреля 1939 года Николай Ежов был арестован, а спустя несколько месяцев, по решению суда, расстрелян. Период Большого террора закончился.
Вскоре Георгий Маленков возглавил Управление кадров Центрального комитета и с этого времени лично отвечал за отбор кандидатов на высокие партийные и государственные посты. Оказавшись в самом эпицентре внутрипартийной борьбы, Маленков ни с кем не заводил тесных дружеских отношений. На протяжении всей жизни самыми близкими людьми для него оставались жена и мать.
Анастасия Георгиевна больше 10 лет прожила в семье сына, помогая воспитывать внучку Волю, а затем вернулась к активной работе. Она возглавила кардиологический санаторий в подмосковном поселке Удельная, который вскоре стал известен как одна из лучших советских здравниц. В те же годы жена Маленкова Валерия Алексеевна Голубцова окончила Московский энергетический институт и поступила в аспирантуру. Однако очень скоро Валерии пришлось взять академический отпуск. В 1937 году у Маленковых родился мальчик, Андрей. Через год на свет появился второй сын, Георгий.
Все трое его детей стали докторами наук в разных областях. Старшая дочь Воля связала жизнь с архитектурой. Средний сын, Андрей, занялся биофизикой. Младший, Георгий, – геохимией.
Утром 22 июня 1941 года немецкие войска без объявления войны вторглись на территорию Советского Союза. Началась самая жестокая и кровавая война в российской истории – Великая Отечественная. За один лишь первый день войны противник уничтожил 1200 советских самолетов. 800 из них находились на приграничных аэродромах и не успели подняться в небо, став удобной мишенью для налетов противника. Еще около 400 были сбиты в воздухе.
Превосходство немецкой авиации вело к большим жертвам и грозило парализовать переброску войск и грузов в прифронтовой полосе. Требовалось как можно быстрее восполнить потери, а для этого организовать эвакуацию авиапредприятий из западных и центральных районов страны на восток и увеличить производство военных самолетов. В декабре 1941 года Георгий Маленков, как член Государственного Комитета Обороны, был назначен куратором советской авиационной промышленности.