Заговор удалось устранить вовремя, но очередное покушение на Ленина все же произошло. 30 августа 1918 года Фанни Каплан ранила его во дворе завода Михельсона в Замоскворецком районе. В тот же день в Петрограде студент Петроградского политехнического института и член подпольного антибольшевистского кружка Леонид Каннегисер убил председателя Петроградской ЧК Моисея Урицкого.
Участились выступления против большевиков, которые сопровождались убийствами и вооруженными конфликтами. Большевики объявили Советскую республику военным лагерем. Наступило время красного террора.
Красный террор – комплекс карательных мер, которые большевики проводили в ходе Гражданской войны против своих классовых врагов: дворян, помещиков, офицеров, священников, кулаков, казаков, а также против всех контрреволюционеров. Некоторыми историками характеризуется как защитная мера против белого террора – крайней формы репрессивной политики антибольшевистских сил.
В 1918 году главной силой красного террора стали органы ВЧК. В Комиссии, которая в конце 1917 года насчитывала всего 30 сотрудников, теперь состояло на службе 30 тысяч человек. Работало 40 губернских и 365 уездных чрезвычайных комиссий.
В местностях, где ввели военное положение, чекисты получили право производить аресты на неопределенный срок, без доказательства вины, и расстреливать врагов революции на месте преступления, не передавая дело в суд. Органы ВЧК брали в заложников бывших помещиков, купцов, банкиров, офицеров царской армии и родственников белогвардейцев. Для этих целей создавались концентрационные лагеря.
Тем не менее Дзержинский выступал против пыток и бессмысленного истребления противников, настоящих и мнимых. Согласно его распоряжениям ряд сотрудников ЧК за избиение подозреваемых увольняли, отправляли в тюрьму, а при отягчающих обстоятельствах даже расстреливали.
И все же именно Дзержинского называли «красным палачом». Железный Феликс относился к этому спокойно. Он считал, что такая репутация идет на пользу делу революции, ведь противники теперь трепетали перед ее карающим мечом. Дзержинский с гордостью писал сестре Альдоне:
В разгар красного террора, по настойчивому совету Якова Свердлова и Владимира Ленина, Дзержинский отправился на встречу с семьей. Жену и сына он не видел восемь лет.
Время для отпуска тревожное, но в октябре 1919 года Красная армия уже наступала, а многие заговоры были раскрыты. Дзержинский сбрил бородку, усы, побрился наголо, приоделся по-заграничному и с документами на имя Феликса Доманского сел на поезд. Его семья жила в эмиграции в Швейцарии. Лишь по редким письмам жены он знал о том, как растет Ясик. Но увидеть его, обнять, познакомиться с ним Дзержинский смог только сейчас.
Эта поездка Дзержинского в Швейцарию в самый разгар Гражданской войны до сих пор вызывает много споров у историков. Скорее всего, он имел секретное поручение от Ленина. Но что это было за поручение, остается загадкой.
Лишь весной 1919 года Софья с сыном приехала в Москву. Поселились Дзержинские в двухкомнатной квартире в Кремле. Ясик пошел в школу, а Софья включилась в партийную работу, получив должность в Народном комиссариате просвещения. Видеться с Дзержинским домашним по-прежнему приходилось редко. Он постоянно был в разъездах: его направляли в Минск, Белосток, Вильно, Харьков. Дзержинский должен был восстановить угольную промышленность и наладить поставки продовольствия.