Уже в марте 1953 года Берия предложил амнистировать около миллиона человек. Под амнистию подпадало несколько категорий заключенных, в том числе осужденные на срок до пяти лет, женщины, имеющие малолетних детей, беременные, несовершеннолетние, престарелые и страдающие тяжелыми неизлечимыми недугами.
Берия представил записку как рабочий документ, без юридической составляющей. Но уже через день, не проведя консультаций с Генеральной прокуратурой и Министерством юстиции, Председатель Президиума Верховного Совета СССР Ворошилов и секретарь Президиума Пегов подписали указ об амнистии.
Поспешность привела к тому, что наряду с указанными категориями осужденных на свободу вышли большие группы уголовников.
Это немедленно привело к скачку преступности в стране. И хотя амнистию в народе называли «ворошиловской», позже Хрущев всю вину за эти события возложит на Лаврентия Берию.
О реальном уровне жизни в стране Берия знал, как никто другой в высшем руководстве СССР. Нерешенный жилищный вопрос, нехватка элементарных товаров первой необходимости, обнищание колхозного крестьянства…
В этой ситуации главную задачу правительства Берия видел в создании условий для роста благосостояния советских граждан. С этой целью он выступал за сокращение расходов на военные нужды и замораживание дорогостоящих строек. Также Берия предложил сократить до минимума роль партии в управлении промышленностью и начал продвигать на центральные должности в республиках национальные кадры.
Не меньшую активность Лаврентий Берия проявлял в международных делах. Он добился начала переговоров о прекращении войны в Корее, попытался восстановить дружеские отношения с Югославией. Стремясь к разрядке в отношениях с капиталистическими странами, Берия предлагал взять курс на объединение Западной и Восточной Германии.
В соответствии с решениями Ялтинской конференций часть территории Германии после Второй мировой войны вошла в сферу влияния СССР и была оккупирована советскими войсками. В нее вошли Восточные земли: Мекленбург, Бранденбург, Саксония-Анхальт, Саксония, Тюрингия и часть Берлина. 30 мая 1949 года делегаты 3-го Немецкого народного конгресса утвердили Конституцию нового государства. 7 октября была провозглашена Германская Демократическая Республика. Значительная часть населения ГДР не принимала курс на «планомерное строительство социализма». В июне 1953 года произошла антиправительственная забастовка, которая была подавлена советскими войсками.
По сути, Берия предлагал программу масштабной перестройки советской системы. Многие из высказанных им предложений осуществились уже после его гибели. Смелые инициативы Берии не могли не встревожить Хрущева и партийную бюрократию. В его действиях и заявлениях они видели готовность выйти на первую роль в руководстве страны. К тому же Берия располагал компроматом, собранным на партийных лидеров Советского Союза, начиная с 1920-х годов.
После смерти Сталина Берия был абсолютно уверен в своей неуязвимости. Хрущева он всерьез не воспринимал, а от своего ближайшего друга Маленкова меньше всего ожидал удара. Однако Хрущеву, который в обстановке строжайшей секретности планировал заговор против Берии, удалось склонить Маленкова на свою сторону. Министр обороны Булганин обеспечил поддержку армии. Маршал Жуков тоже встал на сторону заговорщиков.
Обстоятельства ареста и смерти Лаврентия Берии до сих пор остаются предметом дискуссий.
По официальной версии, 26 июня 1953 года Берию вызвали на совещание Совета Министров СССР. Его обвинили в буржуазном перерожденчестве и в подготовке государственного переворота. По сигналу Хрущева в кабинет вошла группа генералов во главе с маршалом Жуковым. Берию арестовали и отвезли в подземный бункер штаба Московского военного округа. Там Лаврентий Берия в течение полугода ожидал суда.
Впрочем, в эту историю верят не все. Серго Берия высказал версию о том, что его отца убили сразу после ареста. И что сам арест происходил 26 июня не в Кремле, а в их особняке на Малой Никитской. По другой версии, Берия был расстрелян в бункере штаба Московского военного округа задолго до вынесения ему смертного приговора.