На фронт Абакумову приходилось выезжать регулярно. Не раз и не два он оказывался под обстрелом или бомбежкой. Был в Сталинграде в самые тяжелые дни его обороны. Летал на Кавказ. Выезжал к линии фронта на Курской дуге.
На Калининском фронте в районе Великих Лук его машину атаковал «Мессершмитт». Шофер вовремя заметил опасность. Все успели выскочить и спрятаться в кювет. Осколки от сброшенных бомб изрешетили машину, но никто из пассажиров не пострадал.
За вклад в победу Виктор Абакумов был награжден орденами Суворова I и II степеней, орденом Кутузова I степени, орденами Красного Знамени, Красной Звезды и шестью медалями.
Он стал членом Комиссии по руководству подготовкой обвинительных материалов в Международном военном трибунале по делу главных немецких военных преступников. Именно служба Абакумова занималась розыском и задержанием всех лидеров коллаборационистского движения, включая генералов Власова, Шкуро, атамана Семенова и других.
Супруга Абакумова, Антонина Смирнова, была младше его на 12 лет. Они познакомились, когда она работала в отделе военно-морской разведки МГБ. В самую красивую женщину своего ведомства министр влюбился с первого взгляда. В 1951 году у них родился сын Игорь.
Антонина была дочерью артиста Николая Смирнова, который под псевдонимом Орнальдо выступал с сеансами гипноза, в том числе массового.
По одной из версий, именно его представления подсказали Михаилу Булгакову идею эпизода выступления Воланда в московском варьете в романе «Мастер и Маргарита».
После войны Наркомат государственной безопасности был переименован в Министерство государственной безопасности СССР.
СМЕРШ вошел в состав МГБ, а возглавил министерство генерал-полковник Абакумов.
В эти годы он возглавлял борьбу против националистического подполья в западных областях Украины, Белоруссии и Прибалтийских республиках.
Только на территории нынешней Ивано-Франковской области Украины были разгромлены 184 подпольные организации и 96 банд, входивших в «Организацию украинских националистов» (ОУН); обезврежено более 10 тысяч бандитов, и 571 человек – из числа руководящего состава ОУН и «Украинской повстанческой армии» (УПА).
УПА – вооруженное крыло Организации украинских националистов. В формировании армии большую роль сыграли немцы, а также украинские коллаборационисты. УПА действовала в тылах Советской армии, занималась диверсиями и террором, в том числе против мирного населения.
Примечательно, что Абакумов был одним из инициаторов легализации украинского националистического движения. В 1944 году советское руководство приняло решение о переговорах с руководством ОУН. Советская сторона понимала, что дальнейшее противостояние приведет ко многим жертвам.
В обмен на гарантии безопасности националистам предлагали сдать оружие. Этими предложениями заинтересовался один из лидеров ОУН Роман Шухевич. Сделка не состоялась из-за несогласия Степана Бандеры, и борьба продолжалась еще несколько лет.
В 1948 году министерство госбезопасности приступило к ликвидации советских еврейских организаций, прежде всего Еврейского антифашистского комитета (ЕАК).
Еврейский антифашистский комитет – общественная организация СССР, сформированная в 1942 году при Совинформбюро для пропагандистских целей за рубежом. Членами ЕАК стали представители советской интеллигенции: писатель Илья Эренбург, поэт Самуил Маршак, режиссер Сергей Эйзенштейн, музыканты Давид Ойстрах и Эмиль Гилельс. Председателем комитета являлся актер и главный режиссер Московского государственного еврейского театра Соломон Михоэлс.
Дело еврейских организаций было отчасти связано с «Черной книгой», которую подготовил Еврейский антифашистский комитет. Она включала в себя многочисленные свидетельства о преступлениях нацистов против еврейского народа. Книга содержала и имена пособников гитлеровцев самых разных национальностей.
В СССР книгу не опубликовали. По мнению ряда экспертов, она создавала недостаточно полное представление о событиях войны, да еще и бросала тень на другие народы страны. В ней было слишком много эпизодов участия коллаборационистов в казнях евреев, что в условиях советского интернационализма считалось недопустимым.