Вот что писал маршал Буденный на имя Главкома Сталина:
6 июля 1942 года С.М. Буденный отзывает А.В. Мокроусова и С.В. Мартынова на Большую землю и отстраняет их от занимаемых должностей.
Такова была истинная причина его отставки, но для широких масс нужна была официальная версия, и, как всегда, ее подготовил Крымский обком ВКП(б).
Между обкомом и Мокроусовым отношения не сложились практически сразу. Во-первых, это была не их кандидатура, а навязанная военными. Затем «избиение партийных кадров». После трагедии Крымского фронта волна «оргвыводов» затронула и крымских партизан. Поскольку обком нес непосредственную ответственность за все, что происходило в Крыму, то понадобился «стрелочник», которым и стал Мокроусов. Надо сказать, что в значительно большей степени, нежели Мокроусов, татарафобские позиции занимал уже упоминавшийся полковой комиссар Е.А. Попов, но как только Мокроусов был отстранен от командования, то сразу же появилось постановление Крымского обкома ВКП(б) «Об ошибках, допущенных в оценке поведения крымских татар в отношении партизан, и мерах ликвидации этих ошибок и усилении политической работы среди татарского населения» [113, с. 179]. Производится полный перевод стрелок. В обвинении нет ни слова о конфликте с военными, о пассивности в ходе боевых действий, а на первый план выходят ошибки по отношению к крымским татарам.
Отставка грозила А.В. Мокроусову самыми трагическими последствиями. Вот что писал в своих воспоминаниях об этом бывший партизанский комбриг Ф.И. Федоренко, специально посетивший по этому вопросу бывшего начальника Центрального штаба партизанского движения СССР П.К. Пономаренко.