Между обкомом и Мокроусовым отношения не сложились практически сразу. Во-первых, это была не их кандидатура, а навязанная военными. Затем «избиение партийных кадров». После трагедии Крымского фронта волна «оргвыводов» затронула и крымских партизан. Поскольку обком нес непосредственную ответственность за все, что происходило в Крыму, то понадобился «стрелочник», которым и стал Мокроусов. Надо сказать, что в значительно большей степени, нежели Мокроусов, татарафобские позиции занимал уже упоминавшийся полковой комиссар Е.А. Попов, но как только Мокроусов был отстранен от командования, то сразу же появилось постановление Крымского обкома ВКП(б) «Об ошибках, допущенных в оценке поведения крымских татар в отношении партизан, и мерах ликвидации этих ошибок и усилении политической работы среди татарского населения» [113, с. 179]. Производится полный перевод стрелок. В обвинении нет ни слова о конфликте с военными, о пассивности в ходе боевых действий, а на первый план выходят ошибки по отношению к крымским татарам.
Отставка грозила А.В. Мокроусову самыми трагическими последствиями. Вот что писал в своих воспоминаниях об этом бывший партизанский комбриг Ф.И. Федоренко, специально посетивший по этому вопросу бывшего начальника Центрального штаба партизанского движения СССР П.К. Пономаренко.
Ф.И. Федоренко взял слова «враги народа» в кавычки, но в 1942 году они таковыми и считались, и потому ситуация вокруг «дела Мокроусова» была чрезвычайно опасная.
От себя добавлю, что благополучный исход «дела Мокроусова» редкое исключение. Как показала наша печальная история, поведение знаменитого полярника И. Д. Папанина, который «ручался за него головой», — пример удивительного мужества и порядочности, столь нетипичный для того времени. Как правило, в подобной ситуации от «потенциального врага народа» отмежевывались не только друзья, но в большинстве случаев даже близкие родственники.
Только в конце войны, осенью 1944 года, А.В. Мокроусов вновь оказывается в армии, на фронте, где в звании подполковника в достаточно скромной для него должности заместителя командира 32-го стрелкового полка завершает войну.
Оказавшись на Большой земле в штабе С.М. Буденного, Е.А. Попову удается убедить его в своем видении дальнейшей партизанской борьбы в Крыму.
Определяется новая структура руководства: