Уже 19 ноября французские силы в количестве 31 тысячи человек под командованием генерала Жана-Андоша Жюно через Испанию вторглись в Португалию. За покорение страны Наполеон будто бы пообещал генералу маршальский жезл и герцогский титул. Народ сопротивляться не стал, губернаторы приветствовали французов, и уже 30 ноября интервенты вошли в Лиссабон. Французы разместились в столице и постепенно оккупировали всю страну, совершая грабежи и бесчинствуя. На королевство наложили огромную контрибуцию, но выплачивать ее было нечем, ибо экономическая жизнь страны, и без того дышавшая на ладан, просто-напросто прекратилась. Тогда Жюно приказал собрать золотую и серебряную утварь из церквей и монастырей и отправить ее на монетный двор для переплавки на монету. Собственность королевской семьи и бежавших с нею придворных была конфискована.
Оставшаяся знать раскололась на две части: одна, из числа сторонников Просвещения, приветствовала вторжение французов и стала сотрудничать с ними. Другая же попыталась бороться против оккупантов. Часто раздел проходил через семью. Например, в семье маркиза д’Алорна сын Педру д‘Алорна д‘Алмейда (1755–1813) сражался под знаменами Наполеона, а его сестра Леонора, известная поэтесса, упорно выступала против наполеоновской политики в Европе. Ее выслали из страны, и вернуться на родину она смогла лишь в 1814 году. Генерал Жюно назначил Педру д’Алорна главнокомандующим португальскими войсками. Португальская армия была наполовину распущена, 12 тысяч отправлено во Францию, а 6 тысяч включили в корпус Жюно в Португалии. Маркиз д‘Алорна сформировал Португальский легион, который должен был принимать участие в наполеоновских кампаниях. Генерал Жюно так рекомендовал его в своем донесении императору Наполеону:
Когда в 1808 году французы были вынуждены уйти из Португалии, Португальский легион под командованием Педру д’Алорна вошел в состав армии генерала Массена, осуществившей вторую оккупацию Португалии. Во время нее в 1810 году легион отличился при взятии города Алмейда, оставив по себе недобрую память. В 1812 году во время русской кампании дон Педру командовал соединением португальских конных егерей в корпусе маршала Удино. Маркиз д’Алорна был назначен военным комендантом Могилева, но скончался в Кенигсберге во время катастрофического отступления Великой армии.
У маркиза, не считая его приверженности идеям Просвещения и взгляда на Францию как передовое государство, несущее свободу в страны, изнывающие под игом самодержавных правителей, был еще один веский повод для обиды на собственные власти. Дело в том, что он и его сестра Леонора по линии матери были внуками Леоноры-Томазии, маркизы де Тавора. В результате громкого процесса де Тавора их дед и бабка были казнены. Восьмилетнюю Леонору вместе с матерью заточили в монастырь Шелаш, отца, недавно назначенного послом во Францию – в тюрьму, а трехлетний Педру был предоставлен заботам прислуги. Все они были освобождены лишь в 1777 году при вступлении на престол королевы Марии I, которая ненавидела маркиза де Помбала и постаралась уничтожить все содеянное им. Семья быстро возобновила свое положение при дворе.