После «ночи длинных ножей» возвращение Эйке на прежнее место работы было бы понижением в должности. Его назначают главным инспектором концентрационных лагерей и командиром охранных подразделений СС в звании группенфюрера СС. По совету Гиммлера он расположил свою штаб-квартиру в Берлине, но вскоре почувствовал, что ему необходима подпитка повседневным созерцанием кровавого зрелища — экзекуций и убийств. Он обращается к врачам, но их усилия не приносят облегчения. Группенфюрер СС Эйке вместе со своим штабом переезжает в концлагерь Заксенхаузен, расположенный неподалеку от Берлина. Его подчиненные разрабатывают методические указания по эффективному применению в концлагерях разнообразных методов устрашения, пыток, печей для сжигания трупов, «отстойников», где у еще живых заключенных отбираются ценные вещи, одежда, обувь и т. д., и «разбор-ников», где специальные группы обрабатывают трупы, изымая золотые зубные коронки, обручальные кольца, серьги, волосы и протезы. Печи, например, должны были соответствовать тщательно продуманному стандарту, чтобы «в одну сжигательную печь можно было вложить одновременно 4 трупа с обрубленными конечностями; чтобы время, потребное для сжигания 4 трупов, составляло 15 минут, что при круглосуточной работе всех пяти реторт давало возможность сжечь 1920 трупов в сутки». Через пару лет нацистам потребуется увеличить мощность этого адского конвейера: появятся передвижные крематории, комплексные, мультиретортные и т. д. Но начало было положено за два года до войны.
Для управлений СС, размещенных по всему рейху, штабом Теодора Эйке разрабатывается система концлагерей спецназначения: одни — для политзаключенных, другие — для уголовников, третьи — для евреев и других лиц неарийского происхождения. Это тоже было организовано задолго до войны.
Еще в 1935 году Эйке берется за реорганизацию охранных подразделений. Из разрозненных взводов, приписанных к различным концлагерям, образуется единая воинская часть, названная им «Мертвая голова». Видимо, ее структура мыслилась Эйке как подобие 10-го полка СС, некогда организованного им в Рейнланде. Иначе невозможно объяснить его постоянные хождения по инстанциям, когда он выклянчивал у начальства фонды, ресурсы, оружие, горюче-смазочные материалы и прежде всего технику, технику и технику. В середине года его войска составляют 6 моторизованных батальонов. При этом он часто блефовал, заявлял о несуществующих воинских частях, чтобы лучше оснастить имеющиеся в наличии.
К началу второй мировой войны на территории каждого крупного концлагеря располагался отдельный полк охранников. График их работы был достаточно прост: неделю в месяц какой-нибудь взвод охранял заключенных, а остальное время отдавалось занятиям по строевой и физической подготовке, изучению оружия и, разумеется, политподготовке в духе верности идеям партии нацистов. Занятия были напряженными до предела; слабых, не выдерживающих нагрузки, из полков отчисляли в другие, «неэлитные» части СС.
Любопытно, что жесточайшая дисциплина и суровость подготовки сочеталась с заботливостью руководства лагерей по отношению к молодым эсэсовцам из охраны, находившимся вдали от семьи. За этим группенфюрер СС Теодор Эйке следил особенно требовательно. Видимо, именно такой он представлял себе по детским воспоминаниям отеческую любовь.
Вся работа по налаживанию деятельности концлагерей держалась в тайне. Разумеется, многие знали об их существовании, догадывались о жизни и смерти заключенных, но официальных данных не публиковалось. Казалось бы, с началом второй мировой войны значимость этих секретов должна была снизиться, и охранять их можно было с меньшей тщательностью. Ничего подобного!