В 1915 году крейсер был потоплен возле берегов Южной Америки. Канарис оказался в лагере для пленных офицеров в Чили. Времени там молодой офицер не терял и в совершенстве овладел испанским языком. Это достижение способствовало тому, что после репатриации в 1916 году германская разведка заслала его в Испанию. За два года Канарис наладил здесь агентурную сеть, разработал систему добывания информации и передачи ее в Германию, договорился с влиятельными людьми об организации на территории Испании и Португалии баз для ремонта и снабжения подводных лодок рейха.
По окончании первой мировой войны он возвращается на родину. Впереди огромная работа, которая должна выполняться эффективно, но совершенно секретно. Канарис накопил достаточно серьезный опыт подобной деятельности. Поэтому исполняющий обязанности военного министра Веймарской республики Густав Носке берет его к себе адъютантом.
Работа идет действительно большая. Именно тогда началась организация Добровольческого корпуса, в чем Канарис принял самое активное участие. Шла безжалостная борьба с «предателями-коммунистами». Канарис и тут не остается в стороне: он стал одним из главных организаторов убийства Карла Либкнехта и Розы Люксембург, а затем вместе с прокурором Куртом Йорнсом провел «следствие» по этому делу столь блестяще, что виновные отделались лишь порицаниями в приказе.
Политическое лицо Канариса того периода определить довольно сложно. Он или тщательно скрывает его даже от самых близких людей, или действительно находится в поиске. Его не привлекают ни коммунистические, ни монархические идеи. Концепции нацизма или демократии ему тоже не очень нравятся. В 1920 году он становится участником капповского путча. Учитывая, что задачей капповских заговорщиков было установление военной диктатуры, можно предположить, что более всего Канарис в тот период был склонен поддерживать государство, в котором верховная власть принадлежала бы офицерству.
Можно сказать, что Канарис был самым благородным представителем пруссачества, рассматриваемого как цельный образ жизни, как незыблемое мировоззрение, и в то же время был самым двуличным офицером германской армии. Самое удивительное, что это двуличие порождалось искренностью Канариса, пытавшегося действовать в соответствии с дисциплинарными нормами офицера и жить по законам офицерской чести. В результате получалось, что он безупречно выполнял приказы, даже когда был с ними не согласен, и старался оптимально планировать задания для своих подчиненных. По воспоминаниям создателя послевоенной германской разведки Рихарда Гелена, «для Канариса были характерны не только глубокая религиозность и безупречное поведение офицера, но и высокая образованность, далеко превосходящая уровень, имевшийся у высшего офицерства». Ему всегда было трудно найти себе достойного собеседника. Вряд ли среди участников провалившегося путча у Канариса было много единомышленников, таких же страстных приверженцев офицерской чести. В толпе заговорщиков он, скорее всего, был одинок. После подавления восстания провинившегося адъютанта военного министра быстро перевели в военно-морской флот. Там он прослужил три года, честно выполняя повседневные обязанности, ничем не выделяясь и не привлекая к себе внимания.
С приходом к власти нацистов Канарис решает, что достаточно отсиживался на дне.
И он всплывает на поверхность политической борьбы. К нему обращаются за советами такие разные люди, как министр иностранных дел Эрнст фон Вейцзекер, заместитель фюрера по партии Рудольф Гесс, германский посол в Риме Ульрих Хассель. Все чаще он заходит в гости к бывшим сослуживцам, которые теперь занимают кабинеты в генеральном штабе.
По условиям Версальского мирного договора Германии не позволялось иметь разведывательные организации. Исключением оставался абвер, на который возлагались функции военной контрразведки в вооруженных силах. В самом начале 1935 года начальником абвера становится Фридрих Канарис. Перед собой он ставит задачу восстановить все агентурные сети, которые когда-то были налажены по всему миру. Он организовывает переписку своих агентов в Германии с немецкими общинами за границей, способствует возрождению национальных групп в других странах. Все это камуфлируется как налаживание международных культурных связей, встречи обществ любителей немецких песен и танцев, обменные поездки небольших коллективов от разных земель. Такая работа ведется открыто, даже с большой долей демонстративности, но результаты, разумеется, известны только верхушке рейха. После ухода Бломберга и Фрича в отставку абвер становится частью верховного командования вооруженных сил, и Канарис автоматически возглавляет иностранный отдел Верховного главного командования вооруженными силами Германии (ОКБ).