В воскресенье и понедельник, 14 и 15 октября, американский самолет-разведчик U-2 сфотографировал территорию западных районов Кубы. Когда американские военные проявили пленку и напечатали фотографии, они обнаружили несомненные признаки строительства пусковых комплексов для БРСД. (Доказательства строительства пусковых комплексов для БРПД были получены чуть позже, 17 октября.) На следующий день фотографии показали президенту Кеннеди. Он немедленно созвал специальную группу советников, которую впоследствии назвали Исполнительный комитет Национального совета по безопасности (Executive Committee of the National Security Council, сокращенно ExComm), чтобы обсудить варианты решения проблемы. На первом же совещании (утром 16 октября) Кеннеди решил применить высшую степень секретности, пока он не будет готов действовать, потому что если бы Советы узнали, что американцы в курсе происходящего, они могли бы ускорить установку и развертывание ракетных комплексов, завершив ее до того, как Соединенные Штаты будут готовы что-то предпринять. Кроме того, распространение этой новости без объявления четких ответных действий вызвало бы панику в США.
Среди членов Исполнительного комитета, которые сыграли наиболее заметную роль в обсуждении сложившейся ситуации, были такие высшие должностные лица: министр обороны США Роберт Макнамара; советник президента США по вопросам национальной безопасности Макджордж Банди; председатель Объединенного комитета начальников штабов генерал Максвелл Тейлор; государственный секретарь США Дин Раск; заместитель государственного секретаря Джордж Болл; генеральный прокурор США Роберт Кеннеди (брат президента); министр финансов США Дуглас Дилон (единственный республиканец в кабинете министров); а также только что вернувшийся из Москвы Ллевелин Томпсон, который покинул пост посла США в СССР. На протяжении следующих двух недель они связывались и консультировались еще с несколькими людьми, в том числе с бывшим государственным секретарем США Дином Ачесоном и начальником штаба ВВС США Кертисом Лемеем.
В течение оставшейся части недели (с 16 по 21 октября) члены Исполнительного комитета провели множество совещаний. В целях сохранения секретности президент Кеннеди продолжал придерживаться обычного графика, в том числе выступал на митингах в поддержку кандидатов от Демократической партии на промежуточных выборах в Конгресс, которые должны были состояться в ноябре 1962 года. Кеннеди поддерживал постоянную связь с Исполнительным комитетом, уклонялся от настойчивых вопросов представителей прессы, касающихся Кубы, и убедил некоторых заслуживающих доверия владельцев и редакторов средств массовой информации создавать видимость обычной работы. Попытки самого Исполнительного комитета соблюдать секретность порой принимали комичную форму — например, в один лимузин втискивалось около десятка членов комитета, так как вид нескольких правительственных автомобилей, колонной отъезжающих от Белого дома к зданию Государственного департамента, мог вызвать нездоровый интерес СМИ.
Разные члены Исполнительного комитета имели совершенно полярные взгляды на ситуацию и выступали в поддержку разных действий. По мнению начальников штабов, размещение ракет на Кубе существенно меняло баланс военной мощи. Государственный секретарь Макнамара полагал, что это «абсолютно ничего не меняет», но все же относил происходящее к числу политически важных проблем (