Летом 1937 года одновременно с избиением военных кадров проводилась и другая кровавая карательная операция. Шла сталинская чистка миллионов мелких аппаратчиков и партийных функционеров. Для этой цели вождь разослал во все четыре стороны света своих самых преданных подручных. Жданов занялся Ленинградом, Каганович отправился в Белоруссию, Берия — на Кавказ, там ему важную помощь оказывал Микоян, который особенно отличился подавлением своих земляков-армян. Вначале Хрущеву поручили провести чистку среди партийной верхушки Москвы. Он провел ее быстро, добросовестно и радикально. После чего его направили в единственный район страны, который оказывал сопротивление, — на Украину. На этом, более трудном, участке к нему присоединились Молотов и Ежов, второй в сопровождении специальных войск НКВД. Несомненно, Хрущев и там отлично потрудился, потому что получил пост партийного руководителя Украины — или того, что осталось там от партии, — в. январе 1938 года. Хотя основными жертвами чистки, проведенной сталинскими Подручными, стали рядовые приспешники, но заодно было уничтожено несколько своего рода выдающихся деятелей. Главным среди них можно считать Авеля Енукидзе, еще одного из прежних закадычных друзей Грузина, служившего когда-то у него охранником.
В тот же период Сталин начал крупную кампанию по уничтожению иностранных коммунистов, которые не в полной мере разделяли его взгляды, а также части советских граждан, живших за границей, прежде всего тайных агентов из шпионской сети. Некоторые из таких иностранцев — в первую очередь немцы и поляки — оказались настолько глупыми, что подчинились указаниям Сталина явиться в Москву и таким образом упростили задачу собственной ликвидации. Видным представителем этой группы был Бела Кун, венгр с обагренными кровью руками, который когда-то объявил о создании у себя на родине коммунистического государства, которое, к счастью для всех, просуществовало недолго. Хотя заманивать «ренегатов» для ликвидации в Советский Союз было удобно и спокойно, Сталин при желании мог разделываться с ними почти так же легко и за границей с помощью международной агентурной сети своей тайной полиции, а также благодаря поразительной слепоте многих зарубежных правительств того времени применительно к операциям НКВД в пределах их стран. Например, сын Троцкого Лев Седов, у которого находились некоторые бумаги отца, умер при загадочных обстоятельствах (наверняка стал жертвой НКВД) в парижской больнице в 1937 году. В том же году и в том же городе генерал-лейтенант Евгений Миллер, преемник генерала Кутепова в качестве руководителя русских белоэмигрантов, был похищен и бесследно исчез. Почти в точности повторился метод расправы с его предшественником семилетней давности. А в 1938 году и опять же в Париже исчез из виду секретарь Троцкого Рудольф Клемент. Позже его обезглавленный труп обнаружили в Сене. Французская полиция так и не смогла раскрыть тайну смерти Седова и Клемента, а также исчезновения Миллера. Понятно, что никто из исполнителей не предстал перед правосудием. В равной степени нераскрытыми остались случаи уничтожения советских шпионов, проживавших в то время за границей. Под эту категорию, в частности, подпадает убийство в Швейцарии агентами НКВД Игнасия Рейсса, который на свою беду кое-что знал — что ставило Сталина в щекотливое положение — о сношениях Канделаки с нацистами. Одновременно НКВД провел широкую чистку соперничающей и вспомогательной организации — ГРУ (военная разведка). Очень немногим сотрудникам ГРУ удалось бежать в США, среди них Александр Орлов и генерал Вальтер Кривицкий (Гинсберг). Но в 1941 году Кривицкого убили неизвестные в его номере вашингтонской гостиницы. Особенно уязвимыми оказались любые сотрудники ГРУ, которые участвовали в гражданской войне в Испании. Яна Берзина, начальника ГРУ в Испании, расстреляли. Такая же участь ждала и его преемника.
Специальная чистка иностранцев, живших за границей советских граждан и других лиц, которых невозможно было привлечь к судебным процессам, достигла своего апогея в 1940 году, когда в Мексике пристукнули альпенштоком Троцкого. Репрессии продолжались, хотя и в меньших масштабах, во время всей последующей жизни Сталина. И появившаяся позднее информация дает серьезные основания полагать, что многие деятели, которые неожиданно пропали или умерли, находясь, казалось бы, в добром здравии в течение 1937–1953 годов, могли тоже оказаться жертвами чисток. Здесь прежде всего надо назвать Крупскую, вдову Ленина. 27 февраля 1939 года она готовилась выступить с речью — антисталинской по своему тону — перед учителями. Текст речи не получил, конечно, высочайшего одобрения, но прихлебатели Сталина не стали делать из этого проблему. Секретная сотрудница НКВД подала Крупской чашку кофе, которая стала последней в ее жизни. И эту смерть объявили «естественной».