Но после курултая, на фоне строительства улуса Джучи, между Чингисханом и Субэдэем возникли некоторые трения. Каан, разбирая действия своих темников во время Великого рейда, нашел, как он считал, ошибки в их действиях и в очередной раз преподал урок жестокости. Это касалось формирования воинских подразделений из вновь покоренных народов, которое успешно осуществлялось Субэдэем и Джэбэ в 1220–1223 годах. В частности, Чингисхан не одобрил того, что Субэдэй принимал в свои тумены воинов из числа рабов, служивших до того кипчакам-половцам
[81]. Вердикт Великого Каана звучал так: «„Рабы, которые не соблюдают верности господину, разве готовы быть верными другим?“ и потому казнил их» [12, с. 228]. Похоже на то, что некоторые прибывшие с Субэдэем и Джэбэ и попавшие в разряд рабов были умертвлены. Субэдэй был не из тех, кто обсуждал приказы, да и разве это было возможно при дворе Чингисхана? Вместо этого он «подал доклад [каану], чтобы „тысячи“ из меркитов, найманов, кирей, канглов-кангар и кипчаков — всех этих обоков, вместе составили одну армию.[Чингисхан] последовал ему» [12, с. 228]. Таким образом, как говорится, Субэдэй «с корабля на бал, а с бала на корабль», то есть из похода на пир и курултай, а оттуда с новым назначением, тем же летом опять отправился в нынешний Центральный Казахстан, где занялся сведением в единое целое новых тысяч и туменов из вчерашних врагов. «Эмиссары собирали по степи, формировали, вооружали, приучали к жесточайшей дисциплине многотысячное войско… командовал организацией дела Субудай со своим уже огромным военным опытом. И, казалось, само небо помогало ему…» [И, с. 80]. За короткое время он создает основу войска, которое впоследствии станет краеугольным камнем в основании военной мощи улуса Джучи, это были 30 тысяч воинов, которые отныне, вне зависимости от того, где находился Субэдэй, подчинялись ему, и он за них отвечал как командир. Исходя из этого можно однозначно расценивать Субэдэя не только как военного организатора будущей самой западной и самой величественной степной империи от начала времен, но и как одного из ее основателей. Империю эту в разные времена разные народы называли по-разному, мы ее знаем под именем Золотая орда.
Для Субэдэя чрезвычайно насыщенный событиями 1224 год закончился еще одним походом, и этот поход был карательным. Уходя в Монголию осенью — зимой, Чингисхан направил его навести «порядок» «у народа Эмиль Ходжи» [12, с. 228]. Речь тут скорее идет «о каком-то племенном вожде Ходже, чей народ, видимо из канглийских или кипчакских родов, жил у реки Эмиль (Имиль), что на границе пров. Синьцзян и Казахстана» [12, с. 229], в районе озера Алаколь. А так как эта территория лежала к юго-западу от Тарбагатайского хребта и давным-давно была исхожена копытами монгольских скакунов, иначе как «акцией подавления» эту военную операцию именовать нельзя. Тогда же по приказу Субэдэя «отловили лошадей, [всего] 10 000 голов для подношения [Чингисхану]» [12, с. 228].
Следом за Субэдэем в эти земли вступило основное войско монголов, и где-то там, на реке Эмиль, каана встретили его внуки Хубилай и Улэху [14, с. 726]. Встречу Чингисхана со своим девятилетним внуком, сыном Толуя — Хубилаем, на которой, скорее всего, присутствовал Субэдэй, можно назвать знаковой. История не донесла до нас известий о других подобных встречах, но то, что основатель Монгольской империи незадолго до своей смерти соизволил лицезреть будущего основателя династии Юань весьма примечательно. В этой связи необходимо отметить, что Субэдэй, поддерживая отношения со старшим сыном Чингисхана Джучи, не забывал и о младшем Толуе, как не забывал об их детях — Бату, Орду (джучидах), Мункэ, Хубилае (толуидах). И это «скольжение» при дворе Чингисхана Субэдэй исполнял столь же виртуозно, как свои маневры на просторах Великой степи.
Монгольское войско направлялось в Коренную орду, его спутниками, как и десять лет назад, по возвращении из Китая, были бесчисленные вереницы понуро бредущих пленников и огромные караваны верблюдов и повозок, груженых добычей. Но в этом триумфально возвращающемся войске был один человек, которого победная суета не радовала, так как он умирал. Умирал великий полководец, верный пес Чингисхана и соратник Субэдэя Джэбэ-нойон. Этот человек, сыгравший немаловажную роль на первом этапе войны с Цзинь, покоривший Западное Ляо и промчавшийся вихрем 10 000 верст в Беспримерном походе, умер [14, с. 726].
«1225 (год Синей курицы) — Чингисхану шестьдесят четыре года.
В начале весны Чингисхан возвратился из похода в свою ставку в Черной роще на берегу Толы» [14, с. 726].