Массовое закрытие и снос храмов, которые советское государство проводило в 1930‐е годы, стали еще одной печальной страницей в истории пополнения иконного собрания Третьяковской галереи и других музеев. Ценности либо напрямую вывозились сотрудниками галереи из подлежащих ликвидации церквей, либо поступали через музейный фонд Московского отдела народного образования (МОНО) Наркомпроса РСФСР. Летом 1929 года была закрыта церковь Св. Николая в Толмачах. Здание было передано Третьяковской галерее в качестве хранилища. На примере разорения этой церкви можно увидеть, как проходил дележ имущества. Верующим, которых представлял приходской совет, разрешили забрать то, что не имело художественной ценности. Они перенесли разрешенное в соседний храм Св. Григория Неокесарийского на Большой Полянке, который тоже закроют, но в 1939 году. ОГПУ, которому для выполнения валютного плана нужны были драгоценные металлы, достались ненужные галерее золоченые иконы, подсвечники и другие предметы церковного обихода с позолотой, а также серебряные оклады. Позолоту с главного алтаря должны были смыть прямо на месте. Реставрационной мастерской разрешили выбрать золоченое дерево, кроме иконостаса, и взять стекла. В результате вместо церкви – складское помещение.
В отличие от церкви Св. Николы в Толмачах, которая хотя и была закрыта, но избежала сноса9, множество закрытых московских церквей были разрушены. В современных границах Москвы таких наберется не менее двух сотен. В память о них остались лишь названия: Св. Николы Чудотворца в Сапожке, Свв. Флора и Лавра у Мясницких ворот, Рождества Христова в Палашах, Ермолая Священномученика на Козьем болоте, Спаса Преображения в Наливках, Воскресения в Монетчиках, Св. Троицы в Капельках, Похвалы Богородицы в Башмаках – навсегда ушедший мир старой Москвы, былой России.
В 1931 году собрание Третьяковской галереи пополнилось произведениями религиозного искусства из разоренных церквей Покровско-Успенской старообрядческой общины в Малом Гавриковом переулке, Свт. Алексия на Николоямской улице, Св. Иоанна Предтечи в Староконюшенном переулке, Свв. Бориса и Глеба у Арбатских ворот (не сохранилась); Свв. Космы и Дамиана в Кадашах на Большой Полянке, церквей Симонова монастыря (как сообщал журнал «Огонек», на месте «крепости церковного мракобесия» поднялся Дворец культуры завода им. Лихачева, ЗИЛ), а также десятками икон из разрушенных московских церквей, оказавшихся в МОНО, места происхождения которых были забыты. В 1931 году, перед тем как взорвать храм Христа Спасителя в Москве, советские власти разрешили забрать оттуда художественные ценности. Осенью 1931 года в Третьяковскую галерею поступили скульптура, снятая со стен храма, картины Сурикова, Верещагина и Семирадского, когда-то украшавшие его стены.
В 1933 году собрание Третьяковской галереи пополнилось иконами из разоренных церквей Рождества Богородицы в Голутвине, Св. Троицы в Сыромятниках, Гребневской иконы Богоматери на Лубянской площади (разрушена в 1935 году, на образовавшемся пустыре водрузили будку-шахту для вентиляции строившегося в то время метро)10, Успения на Остоженке и Св. Николы Большой Крест у Ильинских ворот (обе снесены в 1934 году), Св. Иоанна Богослова в Бронной слободе на Тверском бульваре, Св. Софии на Софийской набережной, Св. Троицы в Серебряниках и др. В 1934 году транзитом через ЦГРМ в ГТГ поступили иконостас из церкви Архангела Михаила в Овчинниках, а также иконы из моленной на Покровской улице (здания моленной снесены в 1970‐х годах), церкви Похвалы Божьей матери, церкви Спаса Преображения в Лубянском проезде (разрушена в 1931 году), моленной Свв. Петра и Павла в Шелапутинском переулке, Никольского единоверческого монастыря, церкви Воскресения в Кадашах, церкви Св. Николы в Пыжах на Большой Ордынке и др. В 1936 году в Третьяковскую галерею поступили коллекция
Список разоренных московских храмов, откуда ценности поступили в Третьяковскую галерею, можно продолжить. В актах МОНО начала 1930‐х годов значатся церкви Св. Николы в Воробине, Св. Николы Заяицкого, Знамения Богоматери на Знаменке, Св. Софии Премудрости Божией в Средних Садовниках и др. О масштабах разрушений свидетельствуют цифры: только за 1933 год в связи с ликвидацией московских церквей «был собран 1021 памятник» и перевыполнен план пополнения иконного собрания галереи.