На основании подобного материала было заведено дело и начал готовиться арест о. Нектария. 14 августа 1921 г. 7-е участковое пограничное особое отделение, рассмотрев обвинение иеромонаха в контрреволюционной деятельности, постановило, «принимая во внимание, что указанное преступление носит чисто местный характер, подсудный местным органам ЧК», направить дело в Ямбургское политбюро. Непосредственно поводом для ареста батюшки стало проведение им, несмотря на запрет властей, крестного хода в д. Жабино Горской волости Ямбургского уезда. 30 августа о. Нектарий отслужил по приглашению крестьян в деревенской часовне молебен по случаю праздника святых Флора и Лавра и затем по настоятельным просьбам верующих совершил крестный ход, хотя предупреждал прихожан, «что его могут посадить».
31 августа иеромонах Нектарий вернулся в Ямбург, а 1 сентября был арестован и в тот же день допрошен. Батюшка признал себя виновным лишь в нарушении данной ранее подписки не устраивать крестных ходов, подчеркнув, что «при этом же я никакого вреда для советской власти не сделал». Однако в заключении по делу, вынесенном 2 сентября уполномоченным Ямбургского политбюро Ю. Киннасом, настоятель собора был признан виновным в контрреволюционной агитации и назван «элементом вредным и опасным для пограничного уезда». Вывод уполномоченного звучал вполне типично для того времени: «Гражданин Трезвинский является, как человек, имеющий высшее образование, сознательным противником Советской власти». В результате б сентября о. Нектарий был переведен в Петроград в ведение губернской ЧК и помещен в Дом предварительного заключения на Шпалерной ул. Чекисты провели два допроса батюшки – 9 и 14 сентября, но добиться признания в проведении антисоветской агитации не смогли, при этом в графе «политические убеждения» о. Нектарий написал: «Националист-церковник»[244]. Следует упомянуть, что в биографических документах того времени возраст иеромонаха указан неверно: не 1889, а 1879 г. рождения, это изменение втайне от властей сделал делопроизводитель Лавры Якимов, с целью уберечь о. Нектария от мобилизации в тыловое ополчение.
Прихожане, успевшие за полтора года его служения в Ямбурге полюбить батюшку, не оставили о. Нектария в беде. Первыми – сразу же после ареста, ходатайство в его защиту написали около 60 крестьян д. Жабино, взяв на себя вину в проведении крестного хода вокруг деревни и поручившись за политическую благонадежность иеромонаха. Затем – 6 сентября – в ЧК поступило ходатайство об освобождении арестованного за подписью полутора сотен жителей Ямбурга, и, наконец, 16 сентября подобное прошение подали прихожане Екатерининского собора. В своем ходатайстве они отмечали: «Отец Трезвинский ничего не имеет, совершенный пролетарий, даже не имеет сапог, ходит босой, тем не менее, он не сребролюбец, он не берет деньги ни за какие требы, и с нас не требует никаких средств на его содержание; живет как птичка Божия, неизвестно чем питается».
Все эти ходатайства не помогли, в заключении органов следствия от 29 сентября говорилось о необходимости иеромонаха «как злостного агитатора, вредного для современного положения провинции, изъять, направив в концентрационный лагерь». 8 октября 1921 г. о. Нектарий был приговорен Президиумом Петроградской губернской ЧК к одному году принудительных работ с содержанием под стражей и в тот же день отправлен во 2-й лагерь принудработ в Петрограде[245].
Как и в первый раз, заключение оказалось недолгим. 3 декабря 1921 г. о. Нектарий был освобожден по амнистии (возможно, сыграли свою роль ходатайства прихожан) и вернулся в Александро-Невскую Лавру. В Ямбург советские власти его не пустили, и в начале февраля 1922 г. иеромонах уехал в Киев, где более полугода пребывал в Киево-Печерской Лавре. После начала обновленческого раскола, к осени 1922 г. о. Нектарий вернулся в Петроград, но к обновленцам не примкнул и около года оставался за штатом. Лишь один раз, в начале 1923 г., он совершил заупокойную литургию по блаженному Матвею Татомиру в Скорбященской надвратной церкви Лавры[246].
После воссоединения с Православной Церковью в ноябре 1923 г. уклонявшейся в обновленчество братии Александро-Невской Лавры, иеромонах Нектарий вновь стал насельником обители. Епископ Кронштадтский Венедикт (Плотников), ставший после ареста Владыки Мануила (Лемешевского) временно управляющим Ленинградской епархией, высоко оценил верность о. Нектария Православию и в феврале 1924 г. назначил его благочинным монастырей и монастырских подворий «северной столицы», возведя в сан архимандрита.