Наиболее известная из этих конспираций — «заговор Бабингтона», названный так по имени молодого дворянина-католика, которого полицейские провокаторы убедили предпринять попытку освобождения шотландской королевы. Этот целиком сфабрикованный английской разведкой заговор на деле ставил целью не убийство Елизаветы, а создание предлога для юридического убийства Марии Стюарт. Елизавета только после долгих колебаний, под сильнейшим нажимом своих главных советников, особенно У. Сесиля, получившего титул лорда Берли, и Уолсин-гема, решила предать пленницу суду. Берли и Уолсингем уверяли, что процесс и осуждение Марии Стюарт совершенно необходимы для безопасности самой Елизаветы, для утверждения протестантизма, для того, чтобы Англия могла выдержать предстоявшую ей схватку с могущественной Испанией — главной опорой католической контрреформации и претендентом на мировое господство. Однако причин для нерешительности у Елизаветы было немало. Юридическая сторона предстоявшего процесса была очень деликатной, а королеве особенно хотелось соблюсти форму законности. Прежде всего приходилось судить супругу покойного французского короля, законную королеву шотландскую. Создавать такой прецедент — тяжелое решение для Елизаветы, ревниво отстаивавшей священность власти монарха и прерогативы короны. Недаром английская королева отрицала даже правомерность лишения Марии Стюарт шотландского престола. К тому же узница не являлась английской подданной. Она ведь сама добровольно явилась в Англию просить защиты и покровительства у Елизаветы.
Более того, свидетелей обвинения спешно казнили как участников заговора Бабингтона. Суду были переданы лишь исторгнутые у них под пыткой показания, а письма самой Марии Стюарт — единственное документальное доказательство — были представлены только в копиях (для этого тоже были серьезные причины). Не было закона, на основании которого можно было судить Марию, поэтому срочно приняли соответствующий парламентский акт. Создается специальный трибунал для разбора намерения и попыток покушения «вышеупомянутой Марии» против английской королевы и для вынесения приговора. 11 октября 1586 г. члены суда прибыли в замок Фотерингей, где содержалась Мария Стюарт, и передали ей письмо английской королевы. В нем указывалось, что Мария, отдавшись под покровительство Елизаветы, тем самым стала подвластной законам английского государства и должна на суде дать ответ на предъявленные обвинения.
Мария при первом же объяснении с членами судебной комиссии затронула больное место организаторов процесса. «Я абсолютная королева, — заявила узница, — и не сделаю ничего, что могло бы повредить моим собственным королевским правам, правам других государей моего ранга и положения, а также правам моего сына». Обвиняемая знала, насколько чувствительна была Елизавета к таким доводам. Но жребий был уже брошен, и теперь эти аргументы могли только побудить английскую королеву и ее советников действовать с еще большей ловкостью и осмотрительностью.
В заявлении, переданном комиссии, Мария Стюарт написала, что она незнакома с законами Англии, лишена адвоката. Мария сразу же подчеркнула самый слабый пункт обвинения — оно не представило ни одной написанной ею бумаги, которая свидетельствовала бы о злоумышлении против королевы, не доказало, что она, Мария, произнесла хотя бы одно слово, подтверждавшее ее участие в каких-либо враждебных планах и действиях. Вместе с тем в своем отрицании всего Мария сама переходила границу вероятного. Она писала, отвергая обвинение в заговоре против Елизаветы: «Я не натравливала ни одного человека против нее». Было общеизвестно, что это уж во всяком случае не соответствовало действительности.
В переговорах с судьями Мария подчеркивала, что она не находилась под покровительством британских законов, а содержалась 19 лет в английской тюрьме. В ответ лорд-канцлер и другие члены комиссии объявили, что они будут исходить из своих полномочий и английского общего права, причем ни нахождение в тюрьме, ни королевские права Марии не освобождают ее от ответственности. Судьи, разумеется, поспешили отвергнуть и заявление Марии, что она должна отвечать только перед парламентом. Узница великолепно была осведомлена о предвзятости судей и пыталась всячески доказать неправомочность трибунала, учрежденного для разбора ее дела. Она снова затронула слабый пункт обвинения, когда указала, что ее собираются судить лишь по недавнему закону, специально принятому, чтобы создать основание для организации процесса против нее. Со своей стороны члены комиссии разъяснили, что королевским правам Марии не повредит, если она докажет необоснованность выдвинутых обвинений. Если же Мария откажется отвечать, суд будет проведен в ее отсутствие. Это был главный козырь судей: они рассчитывали (и не ошиблись в своем расчете), что Мария Стюарт не устоит перед этой угрозой и предпочтет поединок в зале заседаний.