Прошло 17 лет, и в 1750 году Адмиралтейская Кантора снова сообщила в Сенат, что крыша на Сухаревой башне очень ветха, тес сгнил, и во время дождя дает значительную течь в палату, находящуюся над учебною палатою (то есть в «рапирный» зал); кроме того, в этой верхней палате накатный потолок сгнил и в углах обвалился, и от мокроты испортился пол, через который вода проникает на своды учебной комнаты (нынешней библиотеки Музея. —
А в апреле 1758 года обнаружилось, что «кругом палат стены по переходам расселись и мало отделились над воротами башни, отчего не малый есть страх, чтобы не могло проезжею улицею ходящих людей повредить». Кстати сказать, около стен Сухаревой башни всегда ютилось много народу и из документа 1737 года известно, что вокруг нее в то время был «низенкой полисадничек, сделанный с наружных сторон башни для охранности, чтобы нечистотою цокуль повреждаем не был»
В начале XIX столетия Сухарева башня снова пришла в такую ветхость, что в 1806~году решено было закрыть под нею проезд. По-прежнему текла крыша, гнили полы и колоды окон, пришли в негодность печи, белокаменные украшения окон частично отвалились и проч. Все это было исправлено. Кроме того, «во 2 этаже в сенях (среднем зале) две большие лестницы сделаны вновь из белого камню»; раньше ход на третий этаж, вероятно, производился лишь по винтовой каменной лестнице в стене, если не предполагать, что каменным лестницам могли предшествовать деревянные, о которых нигде никаких указаний доселе не отыскано. Далее — из «рапирного» зала под крышу была устроена в это время деревянная лестница, существовавшая до реставрации 1925 года, и «для удобного ходу в осмерик пробита дверь», то есть устроена дверь в столб башни с винтовой лестницы, тогда как раньше в него попадали, вероятно, с крыши.
План Московского Коммунального Музея в Сухаревой башне.
Пожар 1812 года освободил Сухареву башню от окружавших ее ветхих деревянных строений, уничтожил хранившиеся в башне архивы Морского ведомства, но существенно на башне не отразился. К ремонту башни было приступлено в 1813 году, но осуществлен он лишь в 1820 году. В это время пробиты двери из сеней второго этажа (среднего зала) в западные залы, устроена деревянная лестница в столбе башни под герб, исправлены стены, цоколь и проч., и вся башня окрашена «на уваренном масле красками таких точно колеров, какими была окрашена прежде, как-то: светло-дикого, дико-зеленого и прочего по приличию, какие находятся по старой окраске, а по местам белого, где потребно будет»
В июне 1835 года сильной грозой были попорчены карнизы, украшения, колонки у окон и проч. в столбе Сухаревой башни, но в том же году были восстановлены.
В 1869 году вновь исправлялись железные крыши, потолки, облицовка башни с западной стороны и проч., а в 1874 году со стороны Мещанской улицы были сделаны новые пилястры (выступы стен) вместо старых, карниз в нескольких местах, частичная облицовка стен с этой и восточной стороны в обопревших местах; исправлены белокаменные украшения у окон и проч.
Большой ремонт Сухаревой башни был произведен в 1897–1899 годах. В это время был снят железный навес над террасами второго и третьего этажа и устроены, взамен него, удобные стоки для дождевой воды; в третьем этаже, с северной и южной стороны, арки на площадки были освобождены от кирпичных стенок и маленьких окон, устроенных еще в 1760 году, и взамен них вставлены большие железные рамы. Железная крыша столба и четырех маленьких башенок заменена крышей из поливной разноцветной черепицы — по древним образцам. Исправлены белокаменные украшения окон. Разделаны окна для постановки часов и поставлены новые часы на башне.