10 сентября 1526 г. турки вошли в Буду. Город был сожжен дотла. Уцелел лишь королевский дворец, где Сулейман и устроил свою резиденцию. Здесь с помощью Ибрагима он собрал все дворцовые ценности, которые по реке были доставлены в Белград, а оттуда - в Константинополь. Среди вывезенного богатства были большая библиотека Матиаша Корвина, известная во всей Европе, а также три итальянские бронзовые скульптуры - Геркулеса, Дианы и Аполлона. Особый интерес для Сулеймана представляли две огромные турецкие пушки, захваченные венграми в ходе неудачной осады Белграда Мехмедом II.
В Буде султан получил известие о восстании в Киликии и Кармане. Да и положение османской армии на захваченных территория было непрочно. И Сулейман решил уйти из Венгрии. По словам историка Кемальпаши-заде: «Время, когда эту провинцию следовало бы присоединить к владениям ислама, еще не пришло... Дело было отложено до более подходящего случая».
После ухода турок в Венгрии наступило «бескоролевье». 16 октября 1526 г. в городе Токае сейм выбрал королем князя Януша Запольи, all ноября он был коронован. Но тут же объявился и другой претендент на корону - 23-летний Фердинанд I Габсбург, младший брат императора Карла V. Его главным аргументом было родство с венгерскими королями: жена Анна - дочь короля Владислава II. Итак, в Венгрии оказалось сразу два короля, что привело к гражданской войне. Фердинанд напал на Запольи, разбил его войско, а самого отправил в изгнание в Польшу. После этого Фердинанд был коронован и стал венгерским королем. Он оккупировал Буду и стал строить планы создания центральноевропейского государства Габсбургов, образованного из Австрии, Богемии и Венгрии.
А тем временем Януш Запольи отправил из Польши в Константинополь посла с предложением союза с султаном. Поначалу великий визирь Ибрагим с презрением отнесся к свергнутому королю. Но позже
Сулейман согласился дать Запольи титул короля, подарив ему земли, завоеванные турецкой армией, и пообещав защиту от Фердинанда и другие врагов.
Результатом этого союза стал договор, по которому Запольи обязывался выплачивать султану ежегодную дань, выделять в его распоряжение каждые 10 лет десятую часть населения Венгрии обоих полов и навечно предоставить право свободного прохода через его территорию турецких войск. Таким образом, король Януш стал вассалом султана, а его часть Венгрии - королевством-сателлитом под протекторатом Турции.
Фердинанд также отправил в Константинополь послов, что бы добиться перемирия. Но Сулейман повелел бросить посланников в тюрьму.
Теперь у Сулеймана созрел план третьей кампании в верхнюю часть долины Дуная, целью которой была защита Януша от Фердинанда и вызов самому императору Карлу V. Народная германская песня мрачно предвещала будущий поход Сулеймана:
Из Венгрии он скоро уйдет,
В Австрии будет к рассвету дня, Бавария уже почти в его руках. Оттуда он достигнет другой земли, Скоро, пожалуй, он придет на Рейн.
10 мая 1529 г. турецкая армия под командованием Ибрагима вышла из Константинополя. Из-за проливных дождей турецкие войска подошли к предместьям Вены на месяц позже, чем планировал Сулейман. Тем временем Запольи с 6-тысячным отрядом вышел приветствовать султана на поле Мохача. Сулейман принял его с подобающими церемониями и увенчал священной короной святого Стефана. После захвата осажденной Буды Януш вторично въехал в город, чтобы занять престол в качестве короля Иоанна.
21 сентября 1529 г. Сулейман II подъехал к стенам Вены. Согласно австрийским источникам, турецкое войско составляло 300 тысяч человек при 300 орудиях. Кроме того, Запольи привел к султану 6-тысячный отряд венгров. Фердинанд заблаговременно удалился в город Линц. Вену защищал 22-тысячный гарнизон во главе с опытным полководцем графом Николаем фон Сальмом.
Турки начали бомбардировку города и взорвали несколько мин в подкопах под стенами. Тем не менее, взять город не удавалось.
12 октября Сулейман в своей ставке созвал Военный совет, который должен был решить, продолжать или прекращать осаду Вены. Ибрагим, поддерживаемый большинством, предложил снять осаду, поскольку приближалась зима, запасы были на исходе, янычары выражали недовольство, а к противнику ожидалось прибытие подкреплений. В итоге решено было предпринять последний, уже четвертый штурм города, и в случае успеха пообещать каждому воину исключительно большое вознаграждение.
14 октября янычары и отборные части турецкой армии пошли на штурм, но натолкнулись на упорное сопротивление оборонявшихся. Туркам не удалось пробиться сквозь 100-метровую брешь в стене. Потери атакующих были огромны, туркам пришлось отступить.
После неудачного штурма Сулейман приказал сжечь ненужные припасы и имущество и начать отход. Отступающую армию провожал радостный перезвон венских колоколов.