Затем последовала записка Михаила Суслова от 26 ноября 1946 года. Он обвинил ЕАК в антисоветской и шпионской деятельности. Дело пошло. Из арестованных Гольдштейна и Гринберга пытками выбили показания, которые послужили поводом для возбуждения уголовного преследования самого комитета. Кроме того, ответственными секретарями или их заместителями в ЕАК, как и в других общественных организациях, в разные годы были штатные работники или осведомители госбезопасности: Эпштейн, Фефер, Хейфец. Они докладывали о каждом шаге и высказываниях членов комитета.
Кровавый этап в борьбе с Еврейским антифашистским комитетом начался с убийства Михоэлса. Во время истязаний одного из узников Лубянки были получены «признательные» показания о якобы шпионской деятельности Михоэлса, его интересе к личной жизни Сталина. 10 января 1948 года этот протокол допроса был направлен «вождю». Последовало прямое указание о ликвидации Михоэлса, находившегося тогда в Минске. Через несколько дней его убили, а общественности сообщили, что он попал в автомобильную катастрофу.
Во второй половине 1948 года начались массовые аресты лиц, в той или иной мере связанных с ЕАК. Следственную группу по этому делу возглавил некий Комаров, который даже в кругу своих собутыльников именовался «палачом». Но позднее кто-то донес и на него — Комарова арестовали.
18 февраля 1953 года он обращается к Сталину со следующим письмом:
20 ноября 1948 года Политбюро по предложению Сталина и Молотова постановило немедля распустить Еврейский антифашистский комитет, так как этот комитет регулярно поставляет антисоветскую информацию органам иностранных разведок. Это постановление открыло путь массовым репрессиям против советских граждан еврейской национальности. Среди арестованных оказались известные ученые, политические и общественные деятели, поэты, писатели.
3 апреля 1952 года министр госбезопасности Игнатьев направил Сталину текст обвинительного заключения. Вот его письмо:
Политбюро одобрило обвинительное заключение и меры наказания. Только для академика Штерн срок был сокращен до 5 лет. Когда все было практически решено, начался судебный процесс. В ходе его ни одно обвинение не было доказано. Подсудимые обличили следствие в фальсификации и рассказали о пытках и избиениях. Председатель Военной коллегии генерал Чепцов, видя, что процесс проваливается, добился приема у Маленкова и рассказал ему о положении дел. Маленков сказал Чепцову: «Политбюро приняло решение, выполняйте его». 12 августа Лозовского, Маркиша, Квитко, Шимелиовича, Бергельсона и других расстреляли.