Карл Хаусхофер был поражен этим поступком не меньше, чем все остальные немцы. Но, судя по всему, он понял мотивы поведения своего бывшего ученика. Уже с января 1941 года он через своего фронтового приятеля Хофвебера пытался собрать сведения о настроении Гесса. Разумеется, до сих пор неизвестно, догадывался ли Карл Хаусхофер о запланированном нападении на СССР. В любом случае сразу же после полета он написал стихотворение о молодом Парцифале, который, подобно Икару, красивым жестом вычеркнул себя из жизни. После полета Гесса в Англию Хаусхоферы сразу же попали под усиленный надзор гестапо. В тайном сообщении, которое 29 июня 1941 года попало на стол Мартину Борману, говорилось: «Группенфюрер Гейдрих довел до моего сведения, что по приглашению президента "Немецкой Академии" генерал Хаусхофер в качестве сенатора Академии и члена Малого Совета Академии должен принять участие в заседании, которое состоится 30 июня 1941 года в Страсбурге. Группенфюрер Гейдрих сообщает, что, очевидно, господин Зиберт придает слишком большое значение участию Хаусхофера в этом мероприятии. Вместе с тем Хаусхофер имел нежелательную причастность к инциденту, случившемуся 10 мая 1941 года (полет Гесса. —
Положение Хаусхоферов еще более ухудшилось в 1944 году. Несмотря на то что сводки с фронтов не вызывали особого восторга, Карл и Марта Хаусхоферы пытались как-то утешить себя, работая на земле, ухаживая за деревьями, восторгаясь окружавшей их природой и ландшафтами. В какой-то момент к ним внезапно вернулся сын, после чего они были вынуждены вновь попрощаться с Альбрехтом. Он прибыл к родителям 20 июля 1944 года, как раз в тот день, когда в ставке «Вольфшанце» произошло неудачное покушение на Гитлера. Заговор военных (операция «Валькирия») был сорван. Альбрехт поддерживал заговорщиков, но не принимал никакого участие ни в подготовке покушения, ни в самом заговоре. Карл Хаусхофер был и вовсе не причастен к этим событиям. Он настолько растерялся, когда узнал о покушении, что не мог сказать ни слова. Впрочем, это не помешало гестапо заподозрить его в причастности к заговору, что в итоге привело к аресту младшего сына, Хайнца, и его жены. Агенты гестапо появились в имение Хаусхоферов ранним утром 23 июля 1944 года. Они провели обыск, но не смогли найти никаких улик. Тем не менее это не помешало им без указания каких-либо причин арестовать Карла Хаусхофера. Через несколько дней с матерью связался Альбрехт Хаусхофер, продолжавший скрываться от полиции. Он заявил, что понятия не имеет, почему был арестован отец, который никогда не был причастен к деятельности политических оппозиционеров. Альбрехт Хаусхофер был арестован в окрестностях Партенкирхена 7 декабря 1944 года.
Сам же Карл Хаусхофер в августе 1944 года оказался в концентрационном лагере Дахау. Он находился не с основной частью заключенных, а потому его пребывание в лагере рассматривалось как «почтенный арест». 27 августа 1941 года Марта Хаусхофер прибыла в лагерь, чтобы поздравить своего супруга с 75-летием. Она отметила, что буквально за несколько недель ее муж очень сильно постарел и осунулся. Карл Хаусхофер был отпущен на свободу столь же неожиданно, как и арестован. Произошло это 31 августа 1944 года. Не исключено, что свою роль сыграло письмо, которое из лагеря Хаусхофер-отец направил Гитлеру. В нем он вспоминал, как когда-то фюрер преподнес ему «Майн кампф» с личным посвящением «Великому немецкому геополитику». Кроме того, он заявлял о том, что направить его за колючую проволоку было давнишней мечтой Черчилля и Рузвельта, а потому не стоило им подыгрывать в этих желаниях.