СДПГ исключила из партии недисциплинированного бунтаря. Через несколько дней Фукс пришел в кильское бюро КПГ и написал заявление на прием в партию, как, кстати, поступили в том же году все его братья и сестры. Они последовали зову своей совести. Если бы их отец сам не был бы старым социал-демократом, он мог бы гордиться своими детьми.
Быть коммунистом скоро оказалось в Германии опасным для жизни делом. В уважаемом Университете Кристиана Альбрехта в Киле студенты-нацисты устроили забастовку против ректора, верного идеям Веймарской Республики. Группы боевиков СА угрожали безопасности студенческого городка. Слухи о политических убийствах быстро распространялись среди напуганных левых студентов. Фукс отважно сопротивлялся торжествующим коричневорубашечникам, был сильно избит и брошен в реку.
Это было предупреждением для «красных лис». Семейный совет в связи с избиениями Клауса Фукса принял решение больше не говорить о политике. В «государстве фюрера» знания о партийной активности членов семьи могли стать для них опасными. Это важный момент в жизни Клауса Фукса — молчание и конспирация стали добродетелями, спасающими жизнь.
27 февраля 1933 года в Берлине вспыхнуло здание Рейхстага. Для нацистов пришло время кровавых расправ с их противниками. «После поджога Рейхстага мне пришлось уйти в подполье», - описывал Фукс начало жестоких чисток. «Мне повезло, что на следующее утро после пожара я рано покинул дом, чтобы на поезде приехать на встречу коммунистических студентов в Берлине. Это единственная причина, почему я избежал ареста. Я точно помню, как я открыл в поезде газету, и мне сразу стало ясно значение случившегося. Я знал, что теперь начнется борьба в подполье. Я снял с куртки значок коммунистической партии — «серп и молот», и засунул ее в карман.» Там ему пришлось лежать еще долго, ведь до того времени, когда Фукс снова признается открыто в своей приверженности коммунизму, пройдет еще 17 лет.
После поджога Рейхстага Фуксу пришлось прятаться в Берлине. Организация НСДАП в Киле внесла его в списки разыскиваемых лиц. В августе преследуемому Фуксу удался побег в Париж. В 1950 году он вспоминал: «Туда меня послала партия, потому что она хотела, чтобы я окончил учебу. После революции Германии нужны были бы люди с техническими знаниями для построения коммунистической Германии.» Но это, конечно, было приукрашиваете самого себя. 21-летний студент-физик тогда никак не мог еще считаться научной надеждой коммунистического подполья, у которого в 1933 году были совсем иные заботы, он просто был одним из тысяч беженцев, спасавшихся от головорезов начинавшейся эпохи «Третьего Рейха».
Молодой эмигрант стоял перед пустотой. Он оставил се: семью, друзей, учебу и политический микрокосмос в Киле. Но на него вскоре нахлынула волна симпатии и солидарности, ожидавшая на Западе первых немецких беженцев. Его кузен, работавший в Англии, открыл своему бедному родственнику вход в новый мир. Он рассказал о судьбе своего двоюродного брата своим зажиточным знакомым Ганнам, о социалистических симпатиях которых ему было хорошо известно.
Ганны вращались в узком кругу в Бристоле, для которого шикарным считалось насмехаться над образом жизни высшего общества и хвалить вид лучшего социалистического будущего. Жить как «правые» и думать, как «левые» — такое явление было широко распространено в западных демократиях в 30-х годах. Ганны пригласили Фукса жить у них.
24 сентября 1933 года он в Дувре сел на борт парома через Ла-Манш. В протоколе иммиграционной службы бледный и худой беженец указал, что собирается изучать физику в Бристольском университете. Это не было ничем иным, как слабой надеждой.
Джесси Ганн была дочкой одного из крупнейших в Британской Империи импортеров табака, который как меценат щедро помогал Бристольскому университету. Таким образом, молодому коммунистическому беженцу из Германии, нашедшему приют в ее доме, несмотря на слабые знания английского языка, удалось без проблем поступить в Физический институт университета. То, что он попал именно к профессору Невиллу Мотту, оказалось одним из многих совпадений на пути к предательству секрета атомной бомбы.
28-летний Мотт был самым молодым штатным профессором в английских университетах. Он учился в Гётингене у Макса Борна — Нестора ранней атомной физики. Факультет естественных наук в маленьком городке в Нижней Саксонии считался во всем мире Меккой для горстки физиков, посвятивших себя исследованию мельчайших частиц материи. Мотт встретился в Гёттингене с такими коллегами, как Вернер Хайзенберг, итальянец Энрико Ферми, венгерский эмигрант Эдвард Теллер и американец Роберт Дж. Оппенгеймер. Список студентов Макса Борна читается сегодня, как «Кто есть кто» в истории атомной бомбы.
Невилл Мотт в Бристоле специализировался на квантовой механике, то есть на математических связях в субатомарном мире. Если бы Джесси Ганн устроила тогда молодого студента из Киля на другую кафедру, например электрической физики, возможно Советский Союз не смог бы добраться до секретов американской атомной бомбы.