В рапорте от 7 января 1878 года (несвоевременность очевидна) эксперты о художниках Творожникове, Сурикове, Бодаревском сообщали, «что считали бы необходимым для Комиссии предложить этим художникам окончить предварительной живописью хотя бы одну или две фигуры их картины, чтобы можно было по им судить, какую живопись может получить от них Комиссия. Если окончательно сделанная ими живопись нескольких фигур будет найдена Комиссией удовлетворительною, то следует допустить их к продолжению работы; в противном случае, чтобы не терять времени, которого остается очень немного для окончания храма, следует озаботиться передачей их работы другому, более опытному и сильному художнику».
Суриков подает заявление на оплату очередной части работ 16 марта, а 4 апреля он сообщает, что четыре Собора выполнены им в подмалевках, картина, изображающая второй Собор, им полностью завершена. Товарищ главного архитектора дает положительное заключение, однако с тем, что выплата будет произведена по осмотру работы Комиссией. В заявлении от 30 июня 1878 года Суриков сообщает, что живопись Соборов им полностью закончена. Последовали замечания Комиссии, 14 июля Суриков сообщает, что они исполнены, и просит окончательного расчета.
Мы можем лишь предполагать, какая в душе художника происходила борьба. Как христианин, он был на стороне угнетенных и обиженных, но по фабуле заданных ему сюжетов поражение терпели и страдали еретики. Сурикову хотелось быть объективным. Христос — сын земной девы, а следовательно, человек — ему был более понятен. Он живо представлял себе, какие страсти кипели на Соборе.
На верхней части хоров Суриков изобразил первый Вселенский Никейский собор, созванный в 325 году римским императором Константином для борьбы с арианами. На Соборе присутствовали патриархи Макарий Иерусалимский, Александр Александрийский, Евстафий Антиохийский, Александр, архиепископ Цареградский, Осия, епископ Кардубский, Пафнутий, епископ Фаваидский, Иаков Исповедник, Павел Неокесарийский и другие духовные лица. Архидиакон Афанасий опроверг учение Ария, того отлучают от Церкви и ссылают. Впоследствии Константин сам становится арианином, возвращает Ария, ссылает Афанасия. Как и в истории раскола Русской церкви времен царя Алексея и патриарха Никона, все события протекают весьма не гладко. По сути, раскол Русской церкви исчерпывает себя лишь в XXI веке с угасанием крестьянства и старинных отдаленных сел. Так же и арианство: по прошествии времени оно истощается. Но не есть ли его возрождение — книга Эрнеста Ренана «Жизнь Иисуса» (1863), повествующая об Иисусе из Назарета не как о Мессии (автор отвергает непорочное зачатие и другие «чудеса», завершая жизнь Иисуса его смертью на кресте), а как об исторической личности?
Первоначальный эскиз Сурикова, который можно увидеть в Русском музее, отличается смелостью. Арий по требованию заказчика не изображен, но весь сюжет и без того полон драматизма. Император Константин высоко восседает на троне в роскошной одежде, Афанасий с молодым страстным лицом поднял одну руку, а пальцем другой указует на строку в пергаменте. Николай Мирликийский изображен напряженным, готовым к борьбе, известно, что он в споре дал Арию пощечину.
После замечаний Комиссии Суриков переделывает свой труд: Константин уже не выделяется богатством одеяния, Афанасий охлажденно статуарен, святитель Николай Мирликийский стал тем каноническим образом, к которому верующие обращаются с молитвой.
Посмотрим, какие изменения произошли в работе над изображением второго Вселенского (Константинопольского) собора. Он был написан на нижней части северной стены храма.
Второй Собор был созван императором Феодосием I в 381 году для борьбы с учением Македония, отвергавшего сущность Святого Духа. Суриков изобразил патриархов Тимофея Александрийского, Мелетия Антиохийского, Кирилла Иерусалимского, Григория, епископа Нисского, Амфилохия Иконийского. На картине Григорий Богослов зачитывает постановление о принятии всех догматов Никейского собора, тем самым опровергая учение Македония. Суриков пытается придать лицам присутствующих индивидуальность, первоначальная композиция отличается красивыми сочетаниями цвета: темно-красного портьеры, розового ступеней, темно-зеленого кресел. Белая одежда патриархов, стихири — сиреневые, салатные, розовые объединены с общим колоритом мягкостью исполнения. Восточные патриархи — чернобородые, смуглые, со впалыми щеками, крючковатыми носами, горящими глазами — по требованию Комиссии лишились индивидуальных черт и были приведены художником к традиционному благообразию..