Габсбурги зарились на итальянские владения, а «владычице морей» не улыбалась перспектива увидеть Мальту (стратегически важную базу в Средиземном море) в руках российского императора, принявшего по просьбе мальтийских рыцарей титул Великого магистра — главы этого старинного духовно-рыцарского ордена иоаннитов (госпитальеров). Орден Святого Иоанна был основан еще в 1099 году крестоносцами в Иерусалиме. Выбитые арабами из Палестины рыцари обосновались на Кипре, затем под натиском турок на Родосе и, наконец, с 1530 года на Мальте. Орден был крупной военно-политической силой, имел отделения во многих европейских странах, славился героической борьбой против османов. В 1798 году Великий магистр ордена сдал Мальту генералу Бонапарту, направлявшемуся с десантной армией в Египет. 2 ноября российский император, снисходя к просьбам рыцарей, возложил на себя звание Великого магистра. Этими нехитрыми приемами дельцы большой европейской политики гарантировали горячее участие Павла I в антифранцузской коалиции.
Россия, лишь при Петре Великом ставшая полноправной участницей «европейского концерта», после побед Суворова оказалась в роли главной вершительницы судеб континента. К такому повороту ни Австрия, ни Англия не были готовы. Политики, еще недавно панически боявшиеся французских армий во главе с молодыми и талантливыми полководцами, решили, что опасность позади и русских надо под благовидным предлогом отодвинуть в сторону.
Суворовские планы — наступлением на Геную и Ниццу с полным изгнанием французов из Северной Италии подготовить кампанию по овладению Парижем — были грубо отвергнуты. Через голову командующего император Франц предписал своему генералу Клейнау прекратить наступление и обратить внимание на Флоренцию и Рим.
Вместо восстановления пьемонтской администрации австрийцы устанавливали оккупационный режим. Королю Карлу было запрещено возвращаться в свою столицу Турин, куда его пригласил Суворов. Вспомогательную десятитысячную пьемонтскую армию, на которую так рассчитывал Суворов, набрать не удалось. Вена разрешила сформировать только шесть батальонов под командованием австрийских офицеров, но обманутые пьемонтцы отказывались служить новым оккупантам.
Шестнадцатого августа Суворов получил от императора Франца II первый приказ о переброске русской части союзной итальянской армии в Швейцарию. В ходе переговоров в Петербурге англичанам и австрийцам удалось убедить Павла в необходимости сосредоточить все русские войска в Швейцарии и уже оттуда наступать на Францию.
Суворов пытался противостоять этому ошибочному стратегическому решению. Он указывал на бездействие австрийской армии в Швейцарии: эрцгерцог Карл, имея численное превосходство над французами, не сумел выбить их и снять постоянную угрозу Северной Италии. Полководец доказывал необходимость «покорения крепости Кони и совершенного поражения неприятеля в графстве Ницском и в Савое», чтобы обезопасить освобожденные земли Италии с северо-запада. На операцию требовалось не менее двух месяцев. Кампания 1799 года на этом заканчивалась. К этому времени швейцарские дороги становились непроходимыми для армии, следовательно, переброска русских войск из Италии делалась невозможной. На будущий год, согласно плану Суворова, война должна была закончиться наступлением на Францию с юга и востока и взятием Парижа. В ответ фельдмаршал получил ошеломляющее известие: эрцгерцог Карл спешно покидает свои позиции в Швейцарии, передавая их прибывающим русским войскам (корпус Римского-Корсакова), в помощь которому австрийцы оставляют незначительные силы.
Вывод русского полководца однозначен: «Печальные следствия для Германии и Италии, неизбежные с этой переменой, должны быть очевидны для опытного военачальника». Так говорится в его письме эрцгерцогу от 18 августа с просьбой не спешить «с исполнением хотя бы даже уже отданного повеления, выполнение которого было бы в полном противоречии с великими намерениями, а в лучшем случае может привести к замешательству, хотя бы и незначительному, в достижении общего блага». «Полагаясь совершенно на прозорливость и доброту Вашего сердца, — дипломатично писал Суворов союзнику, — остаюсь спокоен в рассуждении всякого преждевременного шага, и, больше того, надеюсь даже получить приятное известие, что Швейцария обязана восстановлением прежней свободы и своим спасением Вашим новым знаменитым победам».