В этот период закладывались основы существующей организационно-штатной структуры госпиталя. Введение в штат госпиталя в 1946 г. должностей ведущего хирурга и ведущего терапевта объединило в одних руках работу четырех терапевтических и трех хирургических отделений, а также позволило выработать единые формы и методы обследования и лечения больных. Одним из первых ведущих терапевтов госпиталя в 1946 г. назначен профессор Военно-медицинской академии генерал-майор медицинской службы В.А. Бейер, который проработал здесь до 1947 г., а первым ведущим хирургом – профессор ГИДУВ Е.А. Бок.
В послевоенный период деятельность госпиталя была направлена на укрепление его материально-технической базы, совершенствование всех видов специализированной медицинской помощи, повышение его роли как методического центра медицинской службы Ленинградского военного округа. Большой вклад в это внесли начальники госпиталя: генерал-майор медицинской службы Б.Н. Ибрагимов (1945–1950), полковники медицинской службы Н.С. Соколов (1950–1961), К.А. Новиков (1961–1969), В.П. Марков (1969–1972), Н.В. Климко (1972–1973), И.К. Барабаш (1973–1978), С.И. Литвинов (1978–1985), Н.Е. Козин (1985–1990), В.П. Жданов (1990–1999).
Общая площадь территории госпиталя в послевоенные годы составляла 18 га, однако в 1953 г. 6 га из его территории передали штабу округа для строительства жилого дома (Суворовский пр., 61). Вне территории госпиталя оказался также и корпус, в котором размещался санитарно-эпидемиологический отряд округа (ныне этот корпус занимает станция переливания крови).
До 1954 г. штатная емкость госпиталя составляла 1000 коек, и загрузка их была более 100 %. В этот период в помещениях госпиталя размещались две клиники Военно-медицинской академии (военно-полевой хирургии и факультетской терапии) и стоматологическая поликлиника округа.
В июле 1955 г. установлен штат госпиталя на 1200 коек, а в 1957 г. госпиталь переведен на штатную емкость – 1500 коек. Окружному госпиталю в это время были переданы помещения расформированного 775-го Ленинградского гарнизонного военного госпиталя, располагавшегося по Обводному каналу в доме № 13-а, в котором были развернуты после передачи кожно-венерологическое и два терапевтических отделения. Филиал госпиталя с Обводного канала переведен в 1966 г. в корпус по Новгородской улице (в порядке обмена зданиями с городом).
Важной исторической вехой в жизни госпиталя является присвоение ему в 1968 г. статуса клинического учреждения. Современная материально-техническая и клиническая база госпиталя позволяет его сотрудникам проводить на высоком уровне не только лечебно-профилактическую работу, но и учебно-педагогическую и научно-исследовательскую деятельность. База госпиталя интенсивно используется для усовершенствования военно-медицинских специалистов округа и подготовки слушателей Военно-медицинской академии, с которой на протяжении всей истории поддерживается тесное творческое сотрудничество.
В 1985 г. за достигнутые успехи в медицинском обслуживании воинов и в связи с 40-й годовщиной Победы госпиталь награжден орденом Трудового Красного Знамени.
В 1991 г. при окружном госпитале сформирован медицинский отряд специального назначения, предназначенный для оказания медицинской помощи в чрезвычайных ситуациях. Личный состав отряда и специалисты госпиталя успешно выполняли боевые задачи по медицинскому обеспечению войск в зоне локальных вооруженных конфликтов, за что более 100 человек отмечены высокими правительственными наградами.
Интенсивное совершенствование организационно-штатной структуры госпиталя, расширение и укрепление его лечебно-материальной базы начинается с 1976 г., когда госпиталь перевели на штат с численностью 1700 коек. Дополнительно развернули отделения гнойной хирургии, второе урологическое, неотложной терапии и пульмонологическое. Создание этих отделений положительно отразилось на результатах лечения больных со сложной патологией.
В целях более эффективного лечения больных, нуждающихся в неотложных терапевтических мероприятиях, в 1977 г. при 15-м медицинском отделении неотложной терапии была развернута палата реанимации и интенсивной терапии с круглосуточным дежурством медицинских сестер. С 1980 г. все кардиологические отделения размещаются в отдельном трехэтажном здании на 235 коек.
Специализированная кардиологическая помощь окончательно оформилась в 1992 г., когда был создан штатный кардиологический центр в составе сектора интенсивной терапии и реанимации и трех специализированных отделений.
В июле 1982 г. количество лечебных отделений увеличилось с 25 до 33 за счет разделения 90-100 коечных отделений на два, что позволило улучшить в них организацию лечебно-диагностического процесса. Были введены в штат операционное отделение, центральная стерилизационная, отделение гипербарической оксигенации, эндокринологическое отделение и кабинет иглорефлексотерапии.