7 января 1918 г. отец Михаил стал священником Крестовоздвиженской (Николо-Труниловской) церкви на Петроградской стороне и вскоре был возведен в сан протоиерея. Он активно вел духовно-просветительскую работу: преподавал на Богословских курсах при Введенской церкви на Петроградской стороне, в 1921 г. вошел в корпорацию Петроградского богословского института, где стал преподавателем кафедры церковного проповедничества и руководителем миссионерского кружка. После закрытия института отец Михаил руководил Богословским кружком при Крестовоздвиженской церкви. В 1925 г. были открыты Высшие богословские курсы. В качестве профессора кафедры догматического богословия отец Михаил представил работу «Христология Кирилла Александрийского (историко-догматическое исследование)» на соискание степени магистра богословия. В то же время отец Михаил был активным участником церковно-политической жизни. Так, по словам архимандрита Феодосия (Алмазова), которого вместе с отцом Михаилом этапировали на Соловки, «митрополита Сергия именно петроградские иереи <..> вопреки архиереям, через прот. Митроцкого <..> убедили войти в контакт с большевиками, дабы парализовать предательскую работу обновленцев».
В 1927 г. отец Михаил был арестован и отправлен на Соловки. По воспоминаниям писателя-«соловчанина» Олега Волкова, «ни десятилетний срок, ни пройденные испытания не отучили отца Михаила радоваться жизни. Эта расположенность видеть её доброе начало передавалась и его собеседникам: возле него жизнь и впрямь казалась светлее. Не поучая и не наставляя, он умел рассеять уныние умным ли словом, шуткой ли. Не прочь был пошутить и над собой. Отец Михаил нисколько не погрешал против истины, говоря, что не тяготится своим положением и благодарит Бога, приведшего его на Соловки. Тут – могилы тысяч праведников. И молится он перед иконами, на которые крестились угодники и подвижники. Вера этого учёного богослова, академика, была по-детски непосредственной. Верил он всем существом, органически. Из нашего каждодневного общения я вынес чёткое впечатление о нём как о человеке мудром и крупном. По манере жить, умению входить в дела и нужды других можно было судить о редкостной доброте – той, что с разумом. Его находчивость и острота в спорах позволяли представить, как блистательны были выступления депутата Государственной думы священника Михаила Митроцкого с её трибуны».
В 1930 г. возвращённого в Ленинград М.В. Митроцкого привлекли к следствию по «делу Академии наук» за «систематическую пропаганду и агитацию программно-политических установок Всенародного союза борьбы за возрождение свободной России» – мифической заговорщицкой организации русской профессуры, «возглавляемой» историком С.Ф. Платоновым. 10 мая 1931 г. отец Михаил был приговорен к высшей мере наказания, но приговор был заменен на десять лет лагерей. После досрочного освобождения он жил в селе Домкино Калининской области, где в августе 1937 г. снова был арестован. Особой Тройкой УНКВД Калининской области протоиерей Михаил Митроцкий был приговорен к высшей мере наказания и 1 октября 1937 г. расстрелян. 7 июня 1989 г. он был реабилитирован прокуратурой Тверской области[634]
.