А на возвышенном месте посреди села мастера Юрия Долгорукого возвели первую в тех краях белокаменную церковь, сложив ее из больших, гладко обтесанных известковых камней. О возведении этого простого и сурового храма в летописи сказано так: «Того же лета (1152) Юрий Владимирович изъ суздальской земли созда на Нерли церковь во имя мучеников Бориса и Глеба».
Церковь сооружали на том самом месте, где, по сказанию летописца, располагался стан благоверных князей Бориса и Глеба во время их путешествия в Киев. Таким образом, по времени своего построения Борисоглебская церковь относится к начальному периоду суздальской архитектуры. В плане она представляет собой квадрат с четырьмя столбами внутри и тремя полукружиями снаружи, и возможно, первое впечатление от храма разочарует, так как нет в нем удивительной гармонии и стройности церкви Покрова-на-Нерли. Борисоглебская церковь проще, строже, и нелюбопытный взгляд на ней может попросту не остановиться.
Однако есть в ней свое особое очарование. Храм поставлен почти на самом краю обрыва Нерли; возводили его не из традиционного кирпича-плинфы — из квадров местного тесаного мелкозернистого известняка. Неподалеку от храма размещались княжеские хоромы и рубленые дома придворной знати с их службами. Приземистая и могучая Борисоглебская церковь была почти лишена украшений, интерьер ее предельно прост и строг. При князе Юрии Долгоруком она вообще не была расписана, и богослужения проходили в ослепительно белом храме.
За века своего существования церковные стены перенесли много невзгод, в частности, в 1238 году «городок» Кидекша вместе с церковью был разорен при нашествии монголо-татар. Но уже через год ростовский епископ Кирилл отремонтировал пострадавшее здание, и оно было освящено. Затем наступили долгие годы запустения, когда церковь стояла без кровли, а ее своды, глава, восточная часть стен и верхняя часть апсид обрушились. Восстановили церковь только в XVI–XVII веках, причем для реставрации использовали старый белый камень. Однако восточная часть церкви не была восстановлена, а завершили храм новым сомкнутым сводом (к тому же, по мнению Н.Н. Воронина, плохо сделанным) и четырехскатной крышей. Все это совершенно не отвечало первоначальному облику этого замечательного памятника суздальского зодчества. Некоторые последующие переделки тоже сильно исказили первоначальный вид храма: так, изменились его длинные и узкие окна, а шлемовидная глава приняла форму луковичной.
Трудно в настоящее время судить и о наружных украшениях храма с четырьмя подкупольными столпами, несущими одну главу. Снаружи видны только зачатки аркатурного пояса, выложенного из фигурного кирпича, да ряд поребриков, углами выступающих над поверхностью стен. Сохранились также фрагменты фриза из завес с изображениями на них (в центральной апсиде) символа Пресвятой Богородицы — семисвечника, а еще остатки композиций «Отречение Петра». «Три отрока в пещи огненной» и «Успение Богоматери».
В Борисоглебской церкви похоронены Борис Юрьевич (сын Юрия Долгорукого), жена сына Мария и их дочь Евфросиния. По письменным доку ментам суздальской консистории известно, что в 1675 году суздальский воевода Тимофей Петрович Савелов, архимандрит Спасо-Евфимиева монастыря Тимофей, ключарь Дионисий и старец-казначей Иосиф однажды заглянули в щелку рассохшейся от времени гробницы князя Бориса Юрьевича. «И въ гробнице лежать мощи, кости целы, а на мощахь одежда белою тафтою покрыта, а на верху лежить неведомо какая одежда шитая золотомъ, будто бы по бай берету на ней же вышить золотомъ орелъ пластаный одноглавый и отъ того орла пошло на двое шито золотомъ же и серебромъ узорами».
Преподобный Стефан (архиепископ Суздальский и Юрьевский) в том же году сообщил об этом царю Алексею Михайловичу (а потом не раз и царю Федору Алексеевичу). И добавлял: «Над гробами княжескими панихидъ никогда не бывает… Мощи Великого князя Бориса Георгиевича Суздальского въ забвении, такожъ и гробъ его по достоинству никакихъ украшений не имеетъ». Какой последовал ответ от царя — неизвестно, но существует местное предание, будто бы внизу, под церковными сводами, была устроена княжеская усыпальница, в которую, по предположению графа А.С. Уварова, должен вести подземный ход. В 1851 году граф пытался открыть его, но сделать это не удалось.