По этой причине традиция занятий натурфилософией, хотя и непреднамеренно, перешла от греков к арабским философам Ближнего Востока, которые продолжили ее развитие. И мы можем поблагодарить арабский и мусульманский мир за то, что большая часть греческой философии сумела выжить в течение этих столетий.
Арабский философ Аверроэс (1126–1198 гг. н. э.) родился в Кордове, в так называемой исламской Испании, которая в то время пользовалась большой интеллектуальной свободой. (Аверроэса на самом деле называли Абул-Валид Мухаммад ибн Ахмад ибн Рушд, и его первая книга была посвящена медицине, однако самые важные его работы относятся к философии.) Аверроэс написал научные комментарии ко всем трудам Аристотеля, и благодаря этому идеи греческого философа были переданы будущим поколениям. В Европе в Средние века господствовало христианство, и Аристотель был в значительной степени выброшен на свалку истории и забыт. Однако благодаря трудам Аверроэса философия Аристотеля снова получила известность и в итоге была интегрирована, по крайней мере фрагментарно, в христианское богословие.
Аверроэс среди прочего утверждал, что всякий раз, когда какой-либо фрагмент религиозных писаний противоречит идеям древних натурфилософов, религиозный текст нужно воспринимать как метафорический или как мифологический, а никак не буквально. Это была радикальная позиция, и она расчистила путь к процветанию философии и науки, отвергнув буквальную трактовку Библии и Корана. Таким образом, Аверроэс заложил интеллектуальный фундамент, на котором в конце концов станет базироваться грядущее Просвещение в западной философии.
Гуманистические идеалы, на которых строилось образование в Древних Греции и Риме, в полной мере возродились только в Италии эпохи Ренессанса (французское слово
В эпоху Возрождения изучение гуманитарных наук и человека вышло на первый план и начало вестись совершенно по-новому. Университетские курсы расширились и включили в себя такие предметы, как астрономия, право, геометрия, медицина и искусство. Преподаватели этих предметов вместе со своими учениками стали называться гуманистами. Гуманисты эпохи Возрождения разработали новую философскую традицию, которая поставила под сомнение определение понятия “истина”, данное церковью. В частности, они выдвинули идею о том, что церковь больше не должна считаться основным источником не только знаний, но даже и нравственности. Знания стало возможно получать другими способами, не только через откровения, якобы ниспосланные богом, и эти способы оказались лучше. В частности, собственные наблюдения и личный опыт, как выяснилось, могли быть в этом отношении столь же эффективны. Независимое мышление теперь было достоинством, а не недостатком, который нужно прятать и за который наказывали. Постепенно менялось и предназначение философии – ее задачей стали считать постановку хороших вопросов, а не просто почтительное служение христианской вере и институтам церкви.
Гуманисты были убеждены, что средневековые религиозные учения низводили людей до состояния прислужников бога, и хотели вернуть человечеству самоуважение и свободу.
Критика католической церкви исходила не только от гуманистов, но и от представителей продолжающейся реформации церкви, возглавляемой независимыми мыслителями, такими как Мартин Лютер (1483–1546). В 1517 году Лютер опубликовал свой революционный трактат “95 тезисов. Диспут доктора Мартина Лютера, касающийся покаяния и индульгенций”. Незадолго до этого Иоганнес Гутенберг изобрел шрифт с подвижными литерами, что позволило идеям Лютера быстро распространиться по Европе. Это привело сначала к расколу христианской церкви, а затем к появлению протестантизма.
Ближе к концу XVI века идеи натурфилософов стали оказывать влияние на общий способ мышления людей, и это привело к появлению первых зачатков современной науки. Наука начала продвигаться вперед так быстро, что старомодному христианскому богословию было трудно поспевать за новыми знаниями о мире и сосуществовать с ними.
В XVI веке английский философ и дипломат Фрэнсис Бэкон поставил под сомнение религиозные учения церкви и ее притязания на то, чтобы они были источником знаний (тем более единственным источником знаний), и его идеи оказали еще более сильное влияние, чем предшествующая критика. Бэкон выступал за то, чтобы философия и естественные науки стали инструментами изучения мира и заменили в этом качестве учения церкви. Он считал, что истинным источником знания является разум, а не божественное откровение.