На переднем плане для него стояли папство и Рим. Хотя римляне после смерти Льва VIII в марте 965 года выполнили свои обязательства и избрали его преемника, Иоанна XIII, с одобрения императора, новый папа, принадлежавший к роду Кресценциев, уже в конце 965 года стал жертвой римского мятежа. Он был пленен, но сумел бежать и во время бегства призвал императора на помощь. Оттон, который в ответ на это выступил из Вормса в августе 966 года, уже в декабре был в Риме, где строго наказал мятежников. Его появления оказалось достаточно для того, чтобы папе, которому римляне открыли ворота еще до подхода императора, вернули его прежнее положение. Вместе с императором в апреле 967 года он созвал синод в Равенне, начинавшей к концу правления Оттона получать приоритет перед старым королевским городом Павией в качестве императорской резиденции. Император и папа закончили там дела по учреждению архиепископства Магдебургского, и император вернул Папской области Равеннский экзархат, который, впрочем, он сохранил большей частью под имперским управлением. Тем не менее папа Иоанн XIII имел все основания, чтобы превозносить Оттона как третьего изо всех императоров (начиная с Константина), который «maxime Romanam ecclesiam exaltavit» («весьма возвеличил римскую церковь») — вторым был Карл Великий. Иоанн также недвусмысленно признал, что папство именно Оттону Великому обязано тем, что оно с уровня разрешения римских городских конфликтов снова поднялось до европейской значимости. Это признание способствовало тому, что столь переменчивые прежде императорско-папские отношения начали крепнуть.
Особенно бросается в глаза то, что у Оттона во время этого похода уже не было никаких хлопот с Верхней Италией. Его политика примирения и поддержания стабильности очевидным образом оправдывала себя. Он всегда оставлял на своих местах крупных маркграфов и графов, а равно и епископов, как и вообще не посягал на «regnum Italiae», меняя лишь итальянских королей и посредством каждого нового властителя удерживая связь страны с Германской империей. Удовлетворяясь признанием себя в качестве сюзерена и в основе своей обычно оставляя все по-старому, Оттон, несомненно, облегчал духовным и светским магнатам возможность примириться со своим господством, тем более что каждый новый правитель пользовался чрезвычайной властью. Таким образом он крепко держал в своих руках «regnum Italiae».