Его смерть обострила раскол в коллегии кардиналов. Большинство кардиналов избрало 7 сентября канцлера Роланда (Роландо), сторонника политики Адриана IV, в то время как меньшинство голосовало за кардинала Октавиана (Оттавиано), представителя настроенного дружественно по отношению к императору рода Монтичелли. Его избранию благоволил Оттон фон Виттельсбах. Во время выборов возникли беспорядки. Сам Октавиан отнял у своего противника папский плащ и распорядился облачить себя в него. Роланд и его сторонники вынуждены были покинуть город. Затем он был посвящен в сан под именем Александра III. Октавиан принял имя Виктор IV.
Целью императорской политики должно было стать быстрое устранение схизмы. Внешне Фридрих придерживался нейтралитета, хотя с самого начала он был на стороне Виктора, поскольку предполагал, что Александр, будучи папой, продолжит антиимператорскую политику, которую он проводил еще при Адриане. Урегулирование конфликта пап должно было происходить в той форме, которая соответствовала представлениям Фридриха об императорской власти. Поэтому 13 января 1160 года в Павии он созвал всеобщее церковное собрание. Были, впрочем, сомнения, подчинятся ли папы этому созванному императором церковному собору. Виктор принял приглашение, а Александр, напротив, отказался участвовать на том основании, что он как папа он не может признать над собой никакого земного судьи. Поэтому надежды на мирное разрешение конфликта с самого начала были невелики. Когда 5 февраля собор, наконец, открылся, на нем присутствовали только 50 архиепископов и епископов из Германии и Северной Италии со своими идейными приверженцами, а также послы королей Англии, Франции, Дании, Богемии и Венгрии. Зато почти совершенно отсутствовал французский и английский клир. Итак, собор изначально не был всеобщим. После переговоров, длившихся семь дней, Виктор IV абсолютным большинством собрания был признан законным папой. Александр III из-за отказа прибыть на собор и из-за своих связей с Миланом и Сицилией был отлучен от церкви. В обширном послании, которое было подписано даже отсутствующими духовными чинами, всему христианскому миру было объявлено о решениях собора. Западноевропейским княжеским дворам и в Константинополь были отправлены посольства с целью добиться общего согласия с этими решениями. Реакцией Александра стало отлучение от церкви императора, его главных советников и Виктора IV. Вмешательство императора не устранило раскол, а, наоборот, политически обострило его и на 18 лет разобщило всю Западную Европу.
В конфликте, который возник между Фридрихом и Александром III, положение последнего было более благоприятным. На сторону Александра встали большинство кардиналов, Сицилия, города Ломбардии, Венеция, Венгрия, Испания, Норвегия, Ирландия и князья Востока. Он пытался при посредничестве своих легатов добиться поддержки и византийского императора Мануила. Большим успехом было, в первую очередь, то, что в Бове в июле 1160 года на его сторону перешел английский и французский клир. Виктора IV поддержали сначала лишь зависимые от императора страны: помимо Германии — Дания, Богемия, Польша и Италия, находящаяся под властью Фридриха I. Но и немецкий клир не сплотился вокруг него до конца. Церковная провинция Зальцбург под руководством архиепископа Эберхарда выступила за Александра III.
В последующие годы перед Фридрихом стояла двойная задача. С одной стороны, необходимо было упрочить власть империи в Италии, с другой, он должен был попытаться вывести Англию и Францию из послушания Александру III. Конфликт между слабым французским королем Людовиком VII и английским королем Генрихом II, который тогда же получил от французского короля в лен всю Западную Францию, но был сильнее своего сеньора, неоднократно предоставлял в будущем возможность заручиться поддержкой одного из этих правителей для признания папы — ставленника императора.