Позднее эта великолепная конструкция пошатнулась. Папы осознали, что они несли ответственность перед всем христианским миром и что серьезные злоупотребления его подтачивали. Чтобы изменить ситуацию требовалась полная свобода действий. Недостаточно было поставить во главе империи некоего светского правителя, который постоянно вмешивался бы в дела церкви. Ситуация, при которой император претендовал бы на роль нового Мессии и назначал епископов по своему смотрению, была абсолютно неприемлемой. Больше всего досаждало папе, что император обладал незыблемой властью. Конфликт был неизбежен; борьба стала беспощадной. Нездоровая ситуация, сложившаяся в государстве, грозила ему гибелью. После полувековой ожесточенной борьбы было достигнуто согласие. Империя вышла из кризиса значительно ослабленной. Прелаты перестали быть должностными лицами, превратившись в вассалов. Государство больше не в праве было требовать от них абсолютного подчинения. Фридрих Гогенштауфен, прозванный Барбароссой, извлек урок из этих перемен и ввел четко организованную феодальную систему, ставшую одним из столпов, на которых покоилась монархия. Духовенство заняло в ней свою нишу, а империя стала называться Священной. Но Барбаросса желал воспользоваться богатствами, которыми изобиловала Италия. Брак его сына Генриха VI с наследницей нормандцев на Сицилии должен был обеспечить Гогенштауфену власть на полуострове. Это решение было принято, невзирая на стремление ломбардских городов к независимости, с которыми папы, не желавшие попасть в стальные клещи, заключили прочный союз. Преждевременная смерть Генриха VI и последовавшие за ней смутные времена позволили Святому престолу добиться невиданных ранее возможностей, оставив императору лишь права наследника Петра. Взяв за основу сицилийское государство, доставшееся ему в наследство от матери, внук Барбароссы Фридрих II, напротив, объявил себя полноправным властителем, «воплощением закона на земле». Жестокое противоборство возобновилось с новой силой, но, несмотря на взаимные усилия, оно ни к чему не привело. Фридрих II остался непобедимым, но и он в 1250 г. был сражен болезнью. Новость о его кончине послужила сигналом к смуте. Все было разрушено практически в один момент, и наступила полная анархия, длившаяся чуть ли не двадцать лет. Императоры-марионетки не имели достаточно сил, чтобы положить этому конец.
Империя была настолько истощена, что вплоть до нашего времени историки продолжают считать, что она погибла. Такая точка зрения возможна только в том случае, если единственной формой жизнеспособного государства признается централизованное государство, как это было в конце эпохи Средневековья, форма политического правления королевств, ставших впоследствии действительно великими державами, такими, как Франция. Ничего подобного не могло возникнуть в империи. Увлеченные борьбой с папской властью, императоры не имели возможности развивать те властные институты, которые позволили бы им жестко править государством. Маленькие княжества, напротив, обладали подобными структурами. Отказ от них казался немыслимым. Но следует понимать, что ни одно из этих образований не стремилось к самостоятельному развитию. Они не требовали независимости и не собирались отделяться от империи, которая могла исчезнуть, рассыпавшись на куски. Князья хотели быть частью большего государства, обеспечивающего единство их судьбы. В сражениях за независимость германцы осознали свое единство. Создание и поддержка империи стали миссией германской нации, которая не мыслила себя отдельно от империи. Таким образом обеспечивалась ее преемственность. Пространство, на котором столкнулись два претендента на мировое господство, оказалось опустошено и со стороны папской власти, ослабленной Авиньонским пленением, и со стороны империи, отказавшейся с провозглашением Золотой буллы (1356 г.) от управления Церковью. Постепенно были введены новые элементы федеративной политической организации. Император обеспечивал некое верховное управление; механизмы власти были достаточной сложными и развивались настолько медленно, что некоторые считают это развитие весьма условным.
Эта система, зарождение которой шло исключительно медленно и, зачастую, мучительно, тем не менее уже обладала к началу XVI века всеми необходимыми атрибутами государства. Несмотря ни на что, она была достаточно стабильной. Испытания, которые пришлось ей пережить впоследствии, не позволили превратиться ей в единое государство. Мы же ограничимся перечислением тех конфессиональных разногласий, которые возникли с развитием протестантизма, с одной стороны, и сопротивлением католицизма, с другой; Тридцатилетней войной и противоборством Австрии и Пруссии. Империя погибла отнюдь не сама; Наполеон завоевал ее, чтобы присоединить к собственной империи, которую он намеревался создать во Франции.