На печати, которую он избрал для удостоверения своих указов, значился девиз, где в трех словах заключалась его программа:
Генрих II постарался устранить эти слабости. Мы не будем следовать хронологии в описании его правления; он не умел систематизировать проблемы, решая их по очереди; все занимало его внимание одновременно. Переходить с ним постоянно от одного вопроса к другому было бы, безусловно, скучно для читателя. Поэтому давайте сделаем то, что невозможно для государственного деятеля, но дозволено историку. Во-первых, давайте рассмотрим, что ему удалось сделать на востоке. Его политика там подверглась сильной критике со стороны ученика Адальберта Бруно де Керфуртского. Действительно, Генрих II совершил в глазах этого миссионера непростительную ошибку, вступив в союз с язычниками лютичами против христианского князя Болеслава Храброго. Но вряд ли у Генриха была возможность действовать иначе. Болеслав начал завоевывать Богемию, чтобы объединить ее с Польшей в 1003 г. Если бы ему это удалось, образовалась бы великая славянская держава, которая могла бы нести угрозу империи. Три последовательные кампании, с 1004 по 1018 гг., сдержали эту угрозу. Богемия сохранила свою независимость, а если Болеславу достались Лужицы и земля мильчан, то только в ленное владение, предоставленное императором.
Внутри государства королевская власть не была так сильна, как того желал правитель. Со времен своего герцогства в Баварии он знал, что способом укрепления власти на этих землях для высшей знати стало создание там сети административных институтов. Для королевской власти он выбрал политику, подобную той, что применялась в герцогствах. Королевские ресурсы были перераспределены на восток от Франконии, где находились славянские и языческие центры, христианизация которых была необходима. Саксонцы очень быстро поняли, что столь крепкая королевская власть попытается покуситься на их особое положение. Нужно было усмирить их мятеж. Генрих II, который едва не стал священником, неплохо разбирался в делах церкви и понимал, что можно было от нее ожидать. Поэтому были укреплены и усилены связи церкви с государством. Император более систематично, чего не делали его предшественники, распоряжался епископствами. Он назначал епископов почти всегда косвенно, так как он хотел идти вразрез с каноническим правом, предписывающим выборы прелатов. Он, таким образом, заставлял капитул избирать своего кандидата, затем предоставлял ему инвеституру, вручая ему знаки власти. Епископы получали королевские права. Будучи представителями короля, они были обязаны служить ему, преподносить периодически дары и принимать его у себя. Чаще чем во дворцах, Генрих II останавливался в епископских городах. Вероятно, что он оставлял себе доход с церковного имущества чаще, чем то делал Оттон III, чтобы на том же основании, что и другие каноники, принимать участие в управлении состоянием церкви. Когда у него получалось, он ставил во главе епархий людей, которые родились или получили образование в других краях. Епископство составляли священники из разных мест, не имевшие какой-либо связи с регионом; настоящее единство создавалось службой на благо королевства. Генрих II надеялся добиться, чтобы хотя бы на этом уровне этническое начало не преобладало и единство государства крепло. Тревоги короля о государственном единстве усугубляли постоянные мятежи крупной аристократии, устраиваемые в Лотарингии, Нидерландах и даже в Саксонии. Их подавление лишь усилило желание Генриха II сделать все, чтобы власть монархии была выше власти знати.
Желание Генриха включить королевство Бургундию в империю не смогло полностью осуществиться при жизни, но он подготовил этот союз. В 1006 г. он вновь завладел Базелем, потерянным более трех четвертей века тому назад. Спустя десять лет король Бургундии Рудольф III, являвшийся дядей Генриху и не имевший детей в браке, встретился со своим племянником в Страсбурге и пообещал, что в будущем аристократия признает его в качестве преемника и присягнет на верность. Это случилось только во время правления Конрада II в 1033 г. Тем не менее факт остается фактом: создание тройственного союза, объединившего внутри одного государства Бургундию, Германию и Италию, было подготовлено политикой Генриха II.