Этот декрет был направлен как против императорского засилия, так и против вмешательства в выборы римской аристократии. В нем, в частности, говорилось: «Если кто вступит на престол против этого нашего декрета... будучи избран и посвящен вследствие восстания, интриг или хитрости, то он должен считаться не папой, а сатаной, не апостольским мужем, а апостатом, и должен быть предан анафеме вместе с теми, кто его поддерживал, и низвергнут как антихрист, возмутитель и нарушитель христовой веры». Но подобные устрашения мало действовали, и декрет стал нарушаться с момента его появления. Королевский двор в Германии не признал законности декрета, и созванный в 1060 г. в Вормсе синод немецкого духовенства объявил папу Николая II низложенным. Папа начал готовиться к открытой войне и возобновил союз с южноитальянскими норманнами, но внезапно умер. Римская знать, не признавшая латеранского декрета, обратилась к германскому двору с просьбой определить нового папу; ломбардская знать настаивала на избрании папой только ее представителя. Партия реформы во главе с Гильдебрандом пошла против всех этих сил и избрала на папский престол одного из наиболее энергичных своих приверженцев – Ансельма из Лукки, под именем Александра II. Но враждебно настроенные прелаты Ломбардии вместе с некоторыми немецкими епископами собрались в Базеле и избрали папой Гонория II, отличившегося ранее преследованием патарии. Императорский двор, опиравшийся на ломбардский епископат, не возражал против этого избрания, и Гонорий II с помощью набранного им наемного войска укрепился в Риме. Назревала междоусобная война между сторонниками реформы, возглавляемыми Гильдебрандом и Александром II, и их противниками во главе с антипапой Гонорием II. В спор вмешался императорский двор, которым в ту пору руководил уже архиепископ кельнский Аннон. По решению синода немецкого духовенства в Рим было направлено посольство, чтобы на месте расследовать дело и принять нужные меры. Оно поддержало Александра II, который и был водворен в Риме с помощью военной силы, представленной лотарингско-тосканским герцогом Готфридом Бородатым. Своей поддержкой клюнийцев императорский двор объективно способствовал их победе в предстоящей схватке с императорской властью за подчинение епископата и политическое верховенство. Сгруппировавшиеся вокруг папы Александра II сторонники реформы чувствовали себя все более уверенно и действовали решительно. Созванный Александром II синод в Риме отлучил ломбардских епископов за потворство симонии. В Милане снова подняла голову патария. В Рим были вызваны первые прелаты Германии, от которых папа потребовал энергичных мер по устранению симонии. От слов он перешел к действиям и отлучил от церкви несколько ближайших советников короля по обвинению в «симонистской ереси». Папа готовился к открытой борьбе со своими противниками. При случае он мог использовать солидную военную помощь вассалов курии – норманнов и маркграфини тосканской.
В то время как папство шаг за шагом укрепляло свои позиции, императорская власть переживала глубокий упадок. Шестилетний король Германии Генрих IV (1056-1106) находился под опекой своей матери Агнесы, которая пыталась продолжать политический курс Генриха III. Но в 1062 г. малолетний король был похищен князьями, возглавляемыми архиепископом кельнским Анноном, и доставлен в Кельн. На состоявшемся там собрании князья приняли решение, что государством будет управлять тот епископ, под опекой которого находится король. Первым опекуном короля стал архиепископ кельнский. Он использовал доставшуюся ему власть для обогащения собственной епархии и своих близких. Такую же пользу извлек из опеки над королем и архиепископ майнцский. Затем безраздельное влияние на молодого короля и полное регентство в государстве получил архиепископ бременский Адальберт, который, по словам его биографа Адама Бременского, намеревался создать на севере Германии независимую митрополию и сравниться властью с папой. Используя свое положение фактического главы государства, он прибрал к рукам в пределах бременской епархии высшую юрисдикцию и светскую власть. При этом для обогащения бременской церкви было немало присвоено и домениальных владений короля. В 1066 г. господство Адальберта пало в результате оппозиции князей. Значительная часть его владений была захвачена саксонским герцогом. Генрих IV, достигший шестнадцатилетнего возраста, наконец, избавился от княжеской опеки и начал самостоятельно управлять государством.