Чем же руководилась первенствующая Церковь, принимая в канон ту или другую священную новозаветную книгу? Прежде всего, так называемым историческим Преданием. Исследовали, действительно ли та или другая книга получена прямо от Апостола или сотрудника апостольского, и, по строгом исследовании, вносили эту книгу в состав книг богодухновенных. Но при этом обращали также внимание и на то, согласно ли учение, содержащееся в рассматриваемой книге, во-первых, с учением всей Церкви и, во-вторых, с учением того Апостола, имя которого носила на себе эта книга. Это — так называемое догматическое предание. И никогда не бывало, чтобы Церковь, раз признав какую либо книгу каноническою, впоследствии изменяла на нее свой взгляд и исключала её из канона. Если отдельные отцы и учители Церкви и после этого все-таки признавали некоторые новозаветные писания не подлинными, то это был лишь их частный взгляд, который нельзя смешивать с голосом Церкви. Точно также не бывало и того, чтобы Церковь сначала не принимала какой либо книги в канон, а потом включила бы её. Если на некоторые канонические книги и нет указаний в писаниях мужей апостольских (напр., на послание Иуды), то это объясняется тем, что мужам апостольским не было повода цитировать эти книги.
Таким образом, Церковь, путем критической проверки, с одной стороны, устраняла из всеобщего употребления те книги, какие по местам незаконно пользовались авторитетом подлинно апостольских произведений, с другой — устанавливала как всеобщее правило, чтобы во всех церквах признавались подлинно-апостольскими те книги, какие, может быть, некоторым частным церквам были неизвестны. Ясно отсюда, что с православной точки зрения может быть речь не об «образовании канона», а только об «установлении канона». Церковь ничего не «творила из себя» в этом случае, а только, так сказать, констатировала точно проверенные факты происхождения священных книг от известных богодухновенных мужей Нового Завета.
Это «установление канона» продолжалось очень долгое время. Еще при апостолах, несомненно, существовало уже нечто вроде канона, что можно подтвердить ссылкой ап. Павла на существование собрания слов Христа (1 Кор. 7:25) и указанием ап. Петра на собрание Павловых посланий (2 Петр. 3:15-16). По мнению некоторых древних толкователей (напр. Феодора Мопсуэтского) и новых напр., прот. А. В. Горского, больше всех в этом деле потрудился ап. Иоанн Богослов (Приб. к Твор. Св. Отцов, т. 24, стр. 297-327). Но собственно первый период истории канона — это период мужей апостольских и христианских апологетов, продолжающийся приблизительно с конца 1-го века и до 170-го года. В этот период мы находим большей частью довольно ясные указания на книги, вошедшие в новозаветный канон; но писатели этого периода все-таки очень редко прямо обозначают, из какой священной книги они берут то или другое место, так что у них мы находим так называемые «глухие цитаты». Притом, как говорит Барт в своем «Введении в Новый Завет» (изд. 1908 г., стр. 324), в те времена еще в полном расцвете были духовные дарования и было много богодухновенных пророков и учителей, так что искать основы для своих учений писатели 2-го века могли не в книгах, а в устном учении этих пророков и вообще в устном церковном предании. Во второй период, продолжавшийся до конца третьего века, появляются уже более определенные указания на существование принятого Церковью состава новозаветных священных книг. Так, фрагмент, найденный ученым Мураторием в Миланской библиотеке и относящийся приблизительно к 200–210 г.г. по Р. X., дает историческое обозрение почти всех новозаветных книг: не упомянуто в нем только о послании к Евреям, о послании Иакова и о 2-м посл. ап. Петра. Этот фрагмент свидетельствует, конечно, главным образом о том, в каком составе устанавливался канон к концу 2-го века в западной Церкви. О состоянии канона в восточной Церкви свидетельствует сирский перевод Нового Завета, известный под именем Пешито. В этом переводе упомянуты почти все наши новозаветные книги, за исключением 2-го посл. ап. Петра, 2 и 3 посл. Иоанна, послания Иуды и Апокалипсиса. О состоянии канона в церкви Карфагенской свидетельствует Тертуллиан. Он удостоверяет подлинность послания Иуды и Апокалипсиса, но за то не упоминает о посланиях Иакова и 2-м ап. Петра, а послание к Евреям приписывает Варнаве. Св. Ириней Лионский является свидетелем о веровании церкви Галльской. По нему, в этой церкви признавались каноническими почти все наши книги, исключая 2-го посл. ап. Петра и посл. Иуды. Не цитируется также послание к Филимону. О веровании александрийской церкви свидетельствуют св. Климент Александрийский и Ориген. Первый пользовался всеми новозаветными книгами, а последний признает апостольское происхождение всех наших книг, хотя сообщает, что относительно 2-го посл. Петра, 2 и 3 посл. Иоанна, посл. Иакова, посл. Иуды и посл. к Евреям были в его время несогласия.